Vong Nhi menghadirkan kisah horor psikologis yang dibintangi Le Phuong sebagai Thao dan Quoc Huy sebagai Tùng, pasangan suami istri dengan kehidupan mapan yang tampak sempurna meski belum dikaruniai anak selama empat tahun. Di sisi lain, ada dokter Phương yang bekerja di rumah sakit bersalin dan setiap hari menangani prosedur aborsi, sementara di luar jam kerja ia merawat putranya, Minh, yang mengidap kanker stadium akhir. Alur film ini merangkai kehidupan mereka dalam benang merah tentang dosa masa lalu, penyesalan, dan konsekuensi pilihan.

Konflik mulai memanas saat Nhu, adik Thao, mengalami teror setelah pernah menggugurkan kandungannya. Ia merasa "vong nhi" atau arwah bayi yang diaborsi menghantuinya. Thao awalnya menganggap itu hanya halusinasi, sampai gangguan mistis justru muncul di rumahnya sendiri. Ketika Thao akhirnya hamil, kebahagiaan Tung bercampur dengan rangkaian kejadian aneh dan mimpi buruk yang terus menghantui sang istri.

Ketakutan membuat Thao mendatangi seorang dukun yang menyebut arwah anak Nhu ingin bereinkarnasi sebagai bayinya untuk balas dendam. Dalam kondisi tertekan, Thao berniat menggugurkan kandungannya. Namun, ba Thuan, pengelola panti asuhan yang diam-diam menguburkan janin-janin tak bernama, memintanya berpikir ulang. Situasi makin rumit ketika dokter Nam memberi tahu bahwa janin Thao didiagnosis sindrom Down dan menyarankan aborsi demi masa depan mereka.

Di tengah pertengkaran hebat dalam perjalanan pulang, kecelakaan tragis terjadi. Thao terbangun dan melihat rumahnya dipenuhi suasana duka, membuatnya yakin Tung telah meninggal. Ia kemudian bertemu arwah seorang gadis kecil yang membawanya ke makam di area panti asuhan. Terungkap bahwa arwah itu adalah anak perempuan yang dulu pernah ia gugurkan akibat trauma pemerkosaan di masa lalu. Sang anak meminta diberi nama, dan Thao menamainya Thuong sebelum sosok itu perlahan menghilang.

Plot twist paling menghantam hadir ketika Thao menyadari bahwa sebenarnya dialah yang tewas dalam kecelakaan tersebut. Terperangkap dalam penyesalan dan kehilangan, ia menjadi arwah yang tersesat di panti asuhan. Sementara itu, dokter Phuong yang baru saja kehilangan putranya mulai mempertanyakan kembali setiap keputusan aborsi yang ia tangani.