We Have a Ghost menghadirkan kisah keluarga Presley yang diperankan oleh David Harbour sebagai Frank Presley, Jahi Di'Allo Winston sebagai Kevin, Tig Notaro sebagai Dr. Leslie Monroe, serta Anthony Mackie sebagai Ernest atau Randy, sosok hantu misterius yang mengubah hidup mereka. Film ini memadukan horor ringan, komedi, dan drama keluarga dalam satu cerita yang terasa hangat sekaligus penuh misteri.

Cerita bermula ketika keluarga Presley membeli sebuah rumah besar, murah, dan sudah lama terbengkalai. Bagi Frank, sang ayah, rumah itu adalah kesempatan untuk memulai hidup baru. Namun bagi Kevin, si bungsu, rumah tersebut menyimpan kejutan tak terduga. Di loteng, Kevin bertemu dengan sesosok hantu yang selama ini justru mengusir para penyusup lain. Kevin merekam penampakan hantu itu dan mendapati bahwa makhluk tersebut tidak bisa berbicara serta sama sekali tidak mengingat masa lalunya. Karena tulisan di kausnya bertuliskan Ernest, Kevin pun memanggilnya dengan nama itu.

Berbeda dengan niat tulus Kevin yang ingin membantu Ernest menemukan jati diri agar bisa tenang dan berpindah ke alam lain, Frank justru melihat kesempatan emas. Ia mengunggah video Ernest ke YouTube demi popularitas. Video tersebut viral dan mengundang perhatian publik, sekaligus menarik pihak-pihak berbahaya. Di sekolah, Kevin bekerja sama dengan tetangganya Joy untuk menelusuri masa lalu Ernest. Mereka menemukan foto Ernest bersama seorang pria bernama Ernest Scheller, pemilik rumah sebelumnya. Dari sini, ingatan Ernest mulai muncul dalam bentuk kilasan tentang seorang anak perempuan.

Situasi makin rumit ketika Dr. Leslie Monroe, seorang penulis horor yang pernah memimpin program rahasia CIA untuk menangkap hantu, menerobos rumah Presley bersama agen FBI. Namun Kevin, Joy, dan Ernest sudah lebih dulu pergi ke Oklahoma untuk menemui Scheller. Di sana terungkap bahwa Ernest sebenarnya bernama Randy, suami dari adik ipar Scheller. Setelah istrinya meninggal, Randy menitipkan putrinya June kepada Scheller sebelum menghilang. Tak lama kemudian, CIA berhasil menangkap Randy.

Saat ditahan, ingatan Randy sepenuhnya kembali. Ia menyadari bahwa dirinya dibunuh oleh Scheller. Frank pun menyadari kesalahannya dan meminta maaf kepada Kevin karena telah memanfaatkan Randy. Dr. Monroe berubah pikiran dan membebaskan Randy. Ketegangan memuncak ketika Scheller datang untuk membunuh Kevin, mengira Kevin berusaha membalas dendam.