WHEN MARNIE WAS THERE dibintangi oleh Sara Takatsuki, Kasumi Arimura, Hana Sugisaki, Hitomi Kuroki, dan Ryoko Moriyama, menghadirkan kisah coming of age yang lembut sekaligus emosional. KLovers, cerita berpusat pada Anna Sasaki, gadis 12 tahun yang tinggal di Sapporo bersama orang tua angkatnya, Yoriko dan suaminya.

Anna tumbuh dengan rasa rendah diri dan kesulitan mengekspresikan perasaannya. Suatu hari, serangan asma di sekolah membuat dokter menyarankan agar ia menghabiskan waktu di tempat dengan udara lebih bersih. Mengikuti saran tersebut, Anna dikirim menghabiskan liburan musim panas di rumah kerabat Yoriko, Setsu dan Kiyomasa Oiwa, di sebuah kota pesisir yang tenang di antara Kushiro dan Nemuro.

Lingkungan baru yang sepi dan alam yang luas membuat Anna sering menyendiri. Di sana, perhatiannya tertuju pada sebuah rumah besar tua yang tampak kosong di seberang rawa asin. Ada perasaan akrab yang sulit dijelaskan ketika ia memandang bangunan itu.

Suatu hari, Anna nekat menyelidiki rumah tersebut, namun terjebak pasang laut hingga akhirnya diselamatkan oleh Toichi, nelayan tua setempat. Di rumah itu, Anna melihat seorang gadis pirang misterius.

Pada malam festival Tanabata, Anna kembali dan bertemu gadis tersebut yang memperkenalkan diri sebagai Marnie. Keduanya sepakat untuk merahasiakan pertemuan mereka. Sejak saat itu, hubungan Anna dan Marnie berkembang menjadi persahabatan yang intens dan penuh kehangatan.

Marnie mengajak Anna ke sebuah pesta di rumah itu, tempat Anna melihat Marnie berdansa dengan seorang anak laki-laki bernama Kazuhiko. Anna pun mulai menggambar sketsa Marnie.

Bakat menggambar ini menarik perhatian Hisako, seorang pelukis tua, yang mengatakan bahwa sketsa Anna sangat mirip dengan seorang gadis bernama Marnie yang pernah ia kenal di masa muda. Petunjuk demi petunjuk membuat hubungan Anna dan Marnie terasa semakin misterius.

Ketika sebuah keluarga pindah ke rumah tua tersebut, Anna bertemu Sayaka, gadis seusianya, yang menemukan buku harian Marnie tersembunyi di laci. Di sisi lain, Anna diliputi konflik batin setelah mengetahui bahwa orang tua angkatnya menerima bayaran untuk merawatnya.

Ia merasa cintanya palsu dan kembali menyimpan amarah pada orang tua kandungnya yang telah meninggalkannya. Kepada Marnie, Anna meluapkan semua perasaan itu.

Marnie pun membuka luka hatinya sendiri. Ia bercerita tentang orang tua yang sering bepergian ke luar negeri dan meninggalkannya bersama pengasuh yang kejam. Para pembantu sering menakut-nakutinya dengan silo di dekat rumah.

Untuk membantu Marnie menghadapi ketakutannya, Anna mengajaknya ke silo tersebut. Marnie berhasil mengatasi rasa takutnya, namun mulai memanggil Anna dengan nama Kazuhiko. Ketika badai datang, Anna bermimpi Marnie pergi, dan saat terbangun, Marnie benar-benar menghilang.

Halaman buku harian Marnie yang hilang akhirnya ditemukan Sayaka, mengungkap hubungan Marnie dengan Kazuhiko dan silo. Anna ditemukan tak sadarkan diri dengan demam tinggi dan dibawa kembali ke rumah Oiwa.

Dalam pertemuan terakhir yang emosional, Anna menghadapi Marnie dan mengungkapkan rasa sakit hatinya. Marnie meminta maaf dan mengatakan mereka tak bisa bertemu lagi. Sebelum berpisah, Anna menyatakan cintanya dan memaafkan Marnie, menandai penerimaan dirinya sendiri dan masa lalunya.