Film Jaula mengikuti kisah Paula (Elena Anaya) dan suaminya, Simón (Pablo Molinero), pasangan yang tinggal di kawasan elite. Suatu malam mereka menemukan seorang gadis kecil bisu berjalan sendirian di tengah jalan. Gadis itu kemudian dibawa ke rumah sakit dan hanya diketahui merespons nama Clara (Eva Tennear). Karena tidak ada keluarga yang ditemukan, dokter Gloria (Eva Llorach) meminta Paula dan Simón untuk sementara merawat Clara di rumah mereka.

Clara perlahan mulai beradaptasi, tetapi tingkahnya terasa aneh dan misterius. Gadis kecil itu hanya mau bergerak di dalam garis kapur yang dibuat Paula di lantai rumah. Saat seseorang mencoba menghapus garis tersebut, Clara langsung panik dan berteriak menggunakan kata-kata asing yang membuat Paula mulai curiga ada trauma besar di balik perilakunya.

Keadaan berubah makin menyeramkan ketika teman Paula mengalami kecelakaan akibat pecahan kaca yang diduga sengaja disembunyikan Clara. Paula juga mulai menemukan petunjuk bahwa Clara kemungkinan berasal dari Jerman, termasuk kata "Kreide" yang berarti kapur dan "Buhmann" yang berarti hantu. Tak lama kemudian Clara tiba-tiba menghilang dari rumah, membuat Paula terobsesi mencarinya meski semua orang mulai menganggap dirinya tidak stabil secara mental.

Penyelidikan Paula membawanya pada kasus lama tentang gadis Swiss bernama Ingrid yang ditemukan tewas setelah bertahun-tahun disekap. Semua petunjuk mengarah pada Eduardo (Carlos Santos), tetangga mereka sendiri. Dalam kilas balik terungkap bahwa Eduardo selama ini menyembunyikan rahasia kelam, termasuk menculik Ingrid dan menahan Clara di bawah kendalinya sejak kecil.

Paula akhirnya diculik Eduardo dan dibawa ke ruang bawah tanah tempat rahasia mengerikan itu disimpan. Dengan keberanian besar, Paula membantu Clara melarikan diri sambil mengalihkan perhatian Eduardo. Polisi kemudian menggerebek rumah tersebut dan berhasil menyelamatkan mereka. Film ditutup dengan Clara yang akhirnya bertemu keluarganya kembali, sementara Paula memulai hidup baru bersama Simón dalam keadaan hamil.