Aakrosh dibintangi Ajay Devgan sebagai CBI Officer Pratap Kumar dan Akshaye Khanna sebagai CBI Officer Siddhant Chaturvedi. Film ini dibuka dengan suasana perayaan Dussehra di desa Jhanjhar yang meriah. Di tengah pesta rakyat, tiga mahasiswa kedokteran asal Delhi, Dinu, Gautam, dan Dhiresh, mencoba kabur dengan mobil namun dikejar kendaraan lain hingga dihentikan paksa oleh jeep polisi. Dua bulan kemudian, ketiganya resmi dinyatakan hilang tanpa jejak, memicu sorotan media dan aksi protes mahasiswa.

Tekanan publik membuat pemerintah memerintahkan penyelidikan oleh CBI. Siddhant dan Pratap ditugaskan membongkar misteri ini, tapi mereka langsung dihadapkan pada tembok besar korupsi. Aparat lokal ternyata terafiliasi dengan organisasi kuat bernama Shool Sena yang didukung pejabat tinggi, termasuk Menteri Dalam Negeri. Mereka juga harus berhadapan dengan SP Azad Shatru Singh, sosok berkuasa yang menyalahgunakan jabatan dan menebar ketakutan di desa.

Investigasi awal mengarah pada Rukamal, ipar Dinu, yang kemudian diculik dan disiksa oleh preman. Teror demi teror terus terjadi, bahkan tempat tinggal sementara petugas CBI ikut diserang. Titik terang muncul saat air bendungan surut dan sebuah mobil ditemukan di dasar sungai. Jejak berikutnya membawa mereka pada Kishore alias Nasbandhi dan sebuah ponsel yang terhubung dengan Roshni, putri penguasa lokal Thakur Omkar Sukul.

Roshni mengaku ia mencintai Dinu dan berusaha kabur bersama ketiga pemuda itu ke Delhi karena keluarganya menolak hubungan beda kasta tersebut. Ia menyebut malam itu SP Azad Shatru membawa para pemuda tersebut, sementara dirinya dipisahkan oleh sang ayah. Ketegangan makin memuncak ketika Pratap mendorong warga kasta bawah untuk melawan ketidakadilan, yang justru dibalas dengan kerusuhan dan pembakaran rumah oleh kelompok bersenjata.

Melalui kilas balik, terungkap bahwa istri Azad Shatru, Geeta, adalah mantan kekasih Pratap yang dipisahkan karena perbedaan kasta. Dengan keberanian besar, Geeta membantu CBI mengungkap fakta bahwa tiga mahasiswa itu dibunuh di rumah sang SP oleh para pelaku yang dilindungi kekuasaan. Jasad mereka akhirnya ditemukan di hutan.

Setelah bukti dikumpulkan lewat rekaman dan saksi yang dibujuk menjadi informan, semua pelaku ditangkap. Namun ironi muncul ketika para terpidana hanya dijatuhi hukuman tiga hingga sepuluh tahun dan disambut bak pahlawan di luar pengadilan. Dalam momen penuh kemarahan, Siddhant diam-diam menyerahkan revolver kepada Jamunia, saudari Dinu, yang kemudian menembak mati para pelaku. Aakrosh menutup kisahnya dengan potret getir tentang keadilan yang tak selalu berpihak pada korban.