Ellen Ripley sudah berada dalam stasis selama 57 tahun di atas pesawat ulang-alik setelah menghancurkan kapal luar angkasanya, Nostromo, untuk melarikan diri dari makhluk alien yang membantai seluruh krunya. Ia diselamatkan dan diberi pengarahan oleh Weyland-Yutani Corporation, yang meragukan klaimnya tentang telur alien di kapal tak bertuan di bulan eksoplanet LV-426, yang kini menjadi lokasi koloni terraformasi.

Ketika kontak dengan koloni tiba-tiba hilang, perwakilan Weyland-Yutani, Carter Burke, dan Letnan Kolonial Marinir, Gorman, meminta Ripley untuk ikut dalam misi investigasi. Masih trauma akibat pertemuan dengan alien sebelumnya, Ripley setuju dengan syarat makhluk itu harus dimusnahkan.

Di kapal Sulaco, Ripley bertemu dengan Kolonial Marinir, tapi ia tidak mempercayai android mereka, Bishop, karena pengalaman buruknya dengan Ash, android Nostromo yang dulu mengkhianati kru demi melindungi alien atas perintah perusahaan.

Namun, bisakah Ripley menghadapi kembali horor alien tanpa mengulangi tragedi masa lalu? Apakah Bishop bisa dipercaya, atau justru akan menjadi ancaman baru bagi mereka semua?