Athena dibuka dengan kabar kematian remaja 13 tahun bernama Idir yang diduga tewas setelah dipukuli polisi. Sang kakak, Abdel (Dali Benssalah), seorang tentara Prancis keturunan Aljazair, mencoba menenangkan situasi lewat konferensi pers. Namun suasana berubah kacau ketika adiknya yang lain, Karim (Sami Slimane), datang bersama sekelompok pemuda dan menyerang kantor polisi sebagai bentuk balas dendam.

Karim dan kelompoknya kemudian kembali ke kompleks perumahan Athena, kawasan tempat mereka tinggal, sambil membawa senjata dan perlengkapan hasil rampasan. Mereka membarikade area tersebut dan bersiap melawan aparat. Kerusuhan pun pecah besar-besaran ketika polisi antihuru-hara datang menyerbu, sementara para pemuda membalas dengan bom molotov, kembang api, dan senjata rakitan.

Di tengah situasi mencekam, Abdel berusaha menyelamatkan warga sipil dan menghentikan aksi brutal adiknya. Sementara itu, seorang bandar narkoba bernama Moktar (Ouassini Embarek) justru sibuk menyelamatkan barang selundupannya sendiri. Konflik makin memanas ketika seorang polisi muda bernama Jérôme (Anthony Bajon) tertangkap dan dijadikan sandera oleh kelompok Karim.

Abdel mencoba bernegosiasi dan membawa Jérôme keluar dari Athena, tetapi para perusuh terus mengejar mereka. Ketegangan antara Abdel dan Karim akhirnya berubah menjadi konflik keluarga yang tragis. Situasi makin tak terkendali setelah unit taktis dan militer mulai dikerahkan untuk merebut kembali kawasan Athena.

Di akhir cerita, terungkap fakta mengejutkan bahwa polisi yang memukuli Idir ternyata bukan aparat resmi, melainkan kelompok ekstremis sayap kanan yang menyamar demi memicu kerusuhan rasial. Fakta itu membuat seluruh kekacauan yang terjadi terasa semakin tragis dan penuh manipulasi.