Film thriller remaja Bad Genius menghadirkan kisah menegangkan tentang kecerdikan, ambisi, dan batas moral dalam dunia pendidikan.

Cerita berpusat pada Lynn, siswi jenius yang mendapat beasiswa di sekolah elite. Ia tinggal bersama ayahnya yang berprofesi sebagai guru dengan kondisi ekonomi sederhana. Di sekolah barunya, Lynn berteman dengan Grace, siswi baik hati namun kesulitan dalam pelajaran. Awalnya, Lynn hanya membantu Grace mencontek karena mengetahui adanya ketidakadilan guru yang ternyata membocorkan soal ujian lewat les privat.

Situasi berubah saat Pat, pacar Grace yang kaya, menawarkan bayaran agar Lynn membantu lebih banyak siswa. Meski sempat ragu, Lynn akhirnya tergoda setelah tahu ayahnya tetap harus membayar biaya tambahan sekolah. Ia pun merancang sistem kecurangan cerdas menggunakan isyarat tangan berbasis kode musik untuk membagikan jawaban saat ujian. "Bisnis" ini berkembang pesat hingga melibatkan banyak siswa.

Namun, rencana itu mulai terancam ketika Bank, siswa jenius lainnya, mengetahui kecurangan tersebut. Lynn ditegur oleh ayahnya dan pihak sekolah, hingga beasiswanya ditangguhkan dan peluang beasiswa internasionalnya hilang.

Tak berhenti di situ, Lynn kembali terlibat dalam rencana lebih besar, membantu Pat dan Grace menyontek ujian internasional STIC yang bisa menghasilkan jutaan baht. Ia membutuhkan bantuan Bank, yang awalnya menolak karena menjunjung kejujuran. Namun setelah Bank diserang hingga gagal mengikuti ujian beasiswa, ia akhirnya setuju bergabung.

Mereka menyusun rencana berani, Lynn dan Bank pergi ke Australia untuk mengerjakan ujian lebih dulu, lalu mengirim jawaban ke Thailand. Namun terungkap bahwa Pat adalah dalang di balik penyerangan terhadap Bank. Meski marah, Bank tetap mendorong Lynn menyelesaikan rencana tersebut.

Di Sydney, operasi berjalan tegang. Bank tertangkap karena gugup, sementara Lynn harus mengandalkan ingatan untuk menyelesaikan ujian sendirian. Ia berhasil kabur dari pengawasan dengan cara ekstrem, dan rencana mereka pun sukses besar.

Namun, pengalaman itu meninggalkan trauma mendalam bagi Lynn. Ia menolak uang hasil kecurangan dan memilih menjauh. Ketika Bank mengajaknya menjalankan rencana baru dengan skala lebih besar, Lynn menolak. Bahkan saat diancam, ia memilih jujur, mengaku kepada ayahnya dan melaporkan seluruh kecurangan kepada pihak penyelenggara ujian.