Film animasi petualangan BoBoiBoy: The Movie menghadirkan aksi seru BoBoiBoy dan teman- temannya melawan ancaman alien demi menyelamatkan sahabat mereka.

Cerita dimulai dengan kemunculan pasukan alien jahat Tengkotak yang dipimpin Bora Ra. Mereka memburu Klamkabot, sfera kuasa generasi pertama, untuk mencuri kekuatannya. Meski sempat tertangkap, Klamkabot berhasil melarikan diri dengan teleportasi, hingga sebuah pulau misterius tiba-tiba muncul di Bumi.

Di sisi lain, BoBoiBoy yang sedang bersiap berkemah malah teralihkan oleh aksi kejar-kejaran perampok. Setelah membantu polisi, ia terlambat menemui teman-temannya dan membuat Ochobot kecewa. Belum sempat memperbaiki keadaan, pasukan Tengkotak tiba-tiba menyerang dan menculik Ochobot, memaksa BoBoiBoy dan timnya bergerak menyelamatkan sahabat mereka.

Petualangan mereka membawa ke sebuah pulau misterius penuh bahaya, dari cumi- cumi raksasa hingga makhluk ganas bernama J-Rex. Dengan bantuan Papa Zola dan bahkan Adu Du yang sempat terlibat, mereka terus melacak keberadaan Ochobot.

Di sisi lain, Ochobot ternyata dikendalikan oleh Klamkabot yang menjelaskan bahwa ia berasal dari ras alien penjaga sfera kuasa. Namun situasi makin genting ketika Bora Ra kembali menyerang dan berhasil menangkap Klamkabot, sementara BoBoiBoy dan teman-temannya hampir tewas sebelum akhirnya selamat.

Dalam perjalanan, tim BoBoiBoy menemukan laboratorium rahasia sfera kuasa, tempat Ochobot di-upgrade dengan kemampuan baru. Terungkap bahwa satu-satunya cara menyelamatkan kekuatan tersebut adalah dengan melakukan teleportasi jauh dari jangkauan musuh. Namun keputusan ini tidak mudah, karena berarti harus berpisah.

Konflik memuncak saat Bora Ra menyandera teman- teman BoBoiBoy dan menuntut Ochobot. Demi menyelamatkan mereka, BoBoiBoy rela menyerahkan sahabatnya sendiri, sebuah keputusan berat yang menguji arti persahabatan dan pengorbanan.