Film Dark Places menghadirkan misteri kelam yang bergerak maju-mundur antara masa lalu dan masa kini. Tahun 1985 di Kinnakee, Kansas, Libby Day yang masih berusia 8 tahun menjadi satu- satunya anggota keluarga yang selamat setelah ibu dan dua kakak perempuannya tewas dibunuh.

Dalam tekanan dan pertanyaan polisi yang mengarah, Libby kecil menyebut kakak laki- lakinya, Ben, sebagai pelaku. Kesaksian itulah yang membuat Ben dipenjara. Di masa kini, Libby hidup dari donasi orang-orang yang dulu iba pada 'gadis kecil di berita'.

Namun saat ia dewasa, simpati publik mulai berkurang dan kondisi keuangannya menipis. Seorang pria bernama Lyle Wirth mengundangnya tampil di klub 'True Crime' miliknya dengan bayaran USD 700 atau sekitar Rp11.756.570. Awalnya ragu, Libby akhirnya setuju demi uang.

Kilas balik ke 1985 memperlihatkan Ben sebagai remaja yang terasing. Ia punya hubungan tegang dengan ibunya, Patty, dan kakaknya Michelle. Ben berteman dengan Trey Teepano, seorang bandar taruhan yang tertarik pada hal-hal berbau satanisme. Di sisi lain, Patty berjuang menyelamatkan pertanian keluarga yang terancam disita.

Di masa kini, sebagian besar anggota klub percaya Ben tidak bersalah karena vonisnya hanya berdasarkan kesaksian Libby kecil. Meski masih yakin Ben pelakunya, Libby setuju membantu penyelidikan ulang demi bayaran tambahan. Rasa penasaran membuatnya mulai mengunjungi Ben di penjara dan menelusuri kembali detail kasus lama.

Kilas balik lainnya mengungkap Ben berniat kabur bersama pacarnya, Diondra, yang sedang hamil. Di saat bersamaan, muncul tuduhan pelecehan terhadap Ben dari beberapa gadis kecil. Patty yang terpukul mencoba mencari kebenaran, sementara ayah mereka, Runner, yang pecandu alkohol dan hidup terpisah, datang meminta uang dan menambah kekacauan keluarga.

Di masa kini, Libby melacak Runner yang kini hidup terlantar di pabrik kosong, dan mengetahui soal kehamilan Diondra. Ia juga menemui Krissi Cates, salah satu penuduh Ben, yang akhirnya mengaku bahwa tuduhan tersebut dibuat-buat.

Misteri yang selama ini dianggap selesai ternyata menyimpan banyak sisi gelap yang belum terungkap sepenuhnya.