Detective Conan: The Story of Ai Haibara - Black Iron Mystery Train membuka cerita dengan menyorot Ai Haibara alias Shiho Miyano, bersama Conan Edogawa, Subaru Okiya, Yukiko Kudo, serta bayang-bayang ancaman dari Black Organization seperti Gin, Vodka, Vermouth, dan Bourbon. Film kompilasi rilisan 2023 ini merangkai ulang arc legendaris Jet- Black Mystery Train sambil menambahkan adegan baru yang menghubungkannya langsung dengan film ke-26, Detective Conan: Black Iron Submarine.

Kisah dimulai ketika Conan dan Detective Boys mendapat undangan menaiki kereta mewah bertema misteri. Awalnya perjalanan ini terasa seperti permainan deduksi biasa, penuh teka-teki dan atmosfer elegan khas kereta kelas atas. Namun situasi berubah drastis ketika sebuah kasus pembunuhan sungguhan terjadi di dalam rangkaian kereta. Conan pun sibuk memecahkan kasus tersebut, tanpa menyadari bahwa di kereta yang sama juga bersembunyi anggota Black Organization dengan misi yang jauh lebih berbahaya.

Target utama mereka tidak lain adalah Sherry, identitas lama Ai Haibara sebelum ia melarikan diri dari organisasi. Ketegangan meningkat saat Haibara untuk sementara kembali ke wujud dewasa akibat efek obat. Kondisi ini membuat keberadaannya makin mudah terdeteksi oleh Vermouth dan Bourbon, dua sosok yang memiliki sejarah panjang dan rumit dengannya. Haibara pun terjebak dalam situasi genting ketika ia dikurung di gerbong barang yang kemudian meledak, menciptakan momen paling ikonik dan emosional dalam cerita ini.

Film ini dengan rapi merekonstruksi ulang adegan-adegan kunci dari arc Mystery Train, termasuk rasa takut Haibara yang mendalam terhadap Black Organization dan trauma masa lalunya sebagai ilmuwan yang dipaksa mengembangkan racun mematikan. Di balik layar aksi dan strategi Conan, penonton diajak menyelami sisi rapuh Haibara, ketakutan akan dikhianati, serta keinginannya untuk benar-benar bebas dari bayang-bayang masa lalu.

Salah satu daya tarik utama film ini adalah bagaimana rencana balasan terhadap Vermouth dijalankan dengan sangat cerdas. Subaru Okiya dan Yukiko Kudo memainkan peran penting dalam mengecoh musuh, membuktikan bahwa pertarungan ini bukan hanya soal kekuatan, tapi juga manipulasi dan strategi tingkat tinggi. Semua itu dikemas dengan ritme cepat namun tetap emosional.

Menariknya, versi film ini tidak hanya menjadi kilas balik. Ada dialog dan potongan adegan baru yang secara eksplisit menghubungkan peristiwa di kereta dengan ancaman lanjutan yang dihadapi Haibara dalam Detective Conan: Black Iron Submarine. Hal ini membuat film terasa relevan baik untuk penggemar lama maupun penonton yang mengikuti alur terbaru semesta Detective Conan.