Di Planet Baab, astronot pemberani Scorch Supernova menjadi pahlawan terkenal di BASA bersama kakaknya, Gary, si ilmuwan cerdas yang selalu mendukung dari pusat kendali. Masalah muncul saat Scorch nekat menerima misi ke "Planet Gelap", sebutan bagi Bumi, meski Gary sudah memperingatkan bahwa tak ada alien yang pernah kembali dari sana. Perbedaan pendapat itu membuat hubungan kakak beradik ini retak.

Setibanya di Bumi, Scorch langsung ditangkap militer Amerika Serikat dan dibawa ke Area 51 oleh Jenderal Shanker. Mengetahui saudaranya dalam bahaya, Gary akhirnya turun tangan dan berangkat ke Bumi untuk menyelamatkan Scorch. Namun, Gary justru ikut tertangkap dan dimasukkan ke penjara rahasia berisi para alien lain yang selama ini dipaksa menciptakan teknologi untuk manusia.

Di markas itu, Gary menemukan konspirasi besar antara Shanker dan Lena Thackleman, kepala BASA yang berkhianat. Mereka ingin memakai sumber energi kuat bernama blubonium demi menghancurkan planet-planet berpenghuni. Gary dan Scorch sempat berselisih lagi, tetapi ancaman besar memaksa keduanya bekerja sama demi kabur dari Area 51 dan menyelamatkan Planet Baab.

Pertarungan memuncak saat Shanker mengejar mereka hingga ke Baab dengan senjata canggih. Gary, Scorch, Kip, dan Kira bahu- membahu menggagalkan serangan itu. Di tengah aksi menegangkan, Gary dan Scorch akhirnya berdamai dan kembali kompak sebagai saudara.

Setelah musuh dikalahkan dan Lena ditangkap, Scorch disambut sebagai pahlawan. Namun kali ini ia memberikan penghargaan terbesar kepada Gary, sosok yang selama ini berada di balik semua keberhasilannya. Perayaan pun ditutup dengan kebahagiaan keluarga dan pernikahan meriah Scorch.