Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone menghadirkan kisah awal epik dengan karakter utama Shinji Ikari yang disuarakan oleh Megumi Ogata, bersama Misato Katsuragi, Rei Ayanami, dan Gendo Ikari. Film anime Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone ini membawa KLovers ke dunia pasca bencana besar yang dikenal sebagai Second Impact.

KLovers, cerita dimulai 15 tahun setelah Second Impact menghancurkan sebagian besar dunia. Shinji Ikari, remaja 14 tahun, dipanggil ke Tokyo-3 oleh ayahnya, Gendo Ikari, yang merupakan komandan organisasi militer rahasia Nerv. Setibanya di sana, Shinji langsung terjebak dalam pertempuran antara pasukan PBB dan makhluk misterius bernama Angel. Ia diselamatkan oleh Misato Katsuragi dan dibawa ke markas Nerv, di mana ia diminta untuk mengendalikan Evangelion Unit 01, sebuah mesin raksasa humanoid, untuk melawan Angel tersebut.

Awalnya ragu, Shinji akhirnya menerima tugas itu setelah melihat Rei Ayanami yang terluka tetap dipaksa untuk bertarung. Dalam pertempuran pertamanya, Shinji mengalami tekanan luar biasa karena rasa sakit yang dirasakan oleh Eva juga dirasakan oleh pilotnya. Ia sempat kehilangan kesadaran, namun Unit 01 tiba-tiba aktif sendiri dan berhasil menghancurkan Angel. Setelah kejadian itu, Shinji tinggal bersama Misato dan mulai bersekolah seperti remaja biasa, meski hidupnya jauh dari normal.

Ketika Angel berikutnya muncul, Shinji kembali bertarung, namun situasi menjadi berbahaya saat teman sekolahnya hampir menjadi korban. Meski diperintahkan mundur, Shinji memilih tetap melawan dan berhasil mengalahkan musuh. Keputusan ini membuatnya dimarahi Misato, tetapi juga menunjukkan keberaniannya yang mulai tumbuh.

Ancaman semakin besar saat Angel keenam muncul dengan kemampuan serangan laser yang sangat kuat. Shinji mengalami luka serius dalam pertempuran dan harus dirawat. Sementara itu, Rei bersiap mengambil alih misi berbahaya untuk menghentikan Angel tersebut. Misato kemudian mengungkap rahasia besar bahwa Angel berusaha mencapai Lilith, makhluk raksasa di bawah markas Nerv, yang jika disentuh akan memicu kehancuran seluruh kehidupan di Bumi.

Shinji akhirnya kembali bertarung bersama Rei menggunakan strategi baru dengan senjata positron cannon yang membutuhkan seluruh listrik Jepang. Dengan kerja sama mereka, Angel berhasil dikalahkan, meski Rei hampir kehilangan nyawanya. Dalam momen emosional, Shinji menyelamatkan Rei dan untuk pertama kalinya, ia menunjukkan ekspresi hangat dengan sebuah senyuman.