For Your Eyes Only menghadirkan aksi mata-mata klasik yang dibintangi Roger Moore sebagai James Bond, agen rahasia yang mendapat misi berbahaya untuk menemukan sistem militer rahasia bernama ATAC sebelum jatuh ke tangan musuh. Kisahnya dimulai ketika kapal pengumpul informasi milik Inggris, St Georges, tenggelam di Laut Ionia setelah tidak sengaja menarik ranjau laut lama. Kapal tersebut membawa ATAC, sistem komunikasi yang digunakan Kementerian Pertahanan Inggris untuk mengoordinasikan armada kapal selam Polaris. Kehilangan teknologi itu memicu kekhawatiran besar karena jika direbut pihak lain, sistem tersebut bisa digunakan untuk memerintahkan serangan rudal balistik.

Misi rahasia pun dimulai ketika pemerintah Inggris meminta arkeolog laut Sir Timothy Havelock untuk menemukan bangkai kapal tersebut secara diam diam. Namun rencana itu berujung tragedi setelah Havelock dan istrinya dibunuh oleh pembunuh bayaran asal Kuba bernama Hector Gonzales di kapal pesiar mereka. Putri mereka, Melina Havelock, menyaksikan kejadian itu dan bersumpah membalas dendam. Di sisi lain, kepala KGB juga mengetahui tenggelamnya St Georges dan berusaha mendapatkan ATAC lebih dulu.

Bond kemudian dikirim ke Spanyol untuk melacak siapa dalang di balik pembunuhan tersebut. Saat menyusup ke vila Gonzales, ia tertangkap namun berhasil melarikan diri setelah Gonzales tiba tiba tewas terkena panah. Ternyata pelaku serangan itu adalah Melina yang juga sedang memburu pembunuh ayahnya. Dari penyelidikan lanjutan menggunakan teknologi Identigraph milik MI6, Bond menemukan petunjuk yang mengarah pada seorang kriminal bernama Emile Leopold Locque.

Petualangan Bond berlanjut ke Italia dan Yunani, mempertemukannya dengan tokoh penting dunia bawah tanah serta pengusaha berpengaruh bernama Aris Kristatos. Awalnya Kristatos menuding penyelundup terkenal Milos Columbo sebagai pihak yang terlibat. Namun situasi berubah setelah Bond menemukan fakta bahwa justru Kristatos lah yang bekerja sama dengan Soviet untuk mendapatkan ATAC.

Konflik memanas ketika Bond bersama Columbo menyerang fasilitas pengolahan opium milik Kristatos di Albania. Di sana Bond menemukan ranjau laut yang sama dengan yang menenggelamkan St Georges, membuktikan bahwa tenggelamnya kapal Inggris itu bukan kecelakaan. Setelah serangkaian pengejaran menegangkan, Bond berhasil menyingkirkan Locque dan melanjutkan pencarian ATAC bersama Melina.