Kisah haru ini mengikuti dua bersaudara, Junpei dan Kanta, yang tinggal di Pulau Shikotan bersama kakek dan ayah mereka, seorang kepala pemadam kebakaran desa. Setelah Jepang kalah dalam Perang Dunia II dan pulau mereka diduduki Tentara Merah Soviet, kehidupan mereka berubah drastis. Rumah mereka diambil alih oleh keluarga komandan Rusia, sementara mereka harus tinggal di kandang kuda. Meski begitu, benih persahabatan mulai tumbuh saat Junpei bertemu Tanya, putri komandan Rusia, di sekolah.

Di tengah kondisi sulit, keluarga Junpei berusaha bertahan hidup. Ayahnya diam-diam membantu warga dengan membagikan persediaan makanan, sementara sang paman mencoba menyelundupkan bahan pangan demi keuntungan pribadi namun justru tertangkap. Situasi semakin memburuk ketika ayah Junpei ikut ditangkap. Di sisi lain, hubungan Junpei dan Tanya semakin erat, menghadirkan kehangatan di tengah konflik dua bangsa.

Pada tahun 1947, warga Jepang di pulau tersebut dipaksa meninggalkan rumah mereka dan dipindahkan ke kamp interniran. Dalam perjalanan yang penuh ketidakpastian, Junpei dan Kanta tetap bersama guru mereka, Sawako, sambil berharap bisa bertemu kembali dengan sang ayah. Harapan itu mendorong mereka melakukan perjalanan berbahaya melintasi pegunungan demi menemukannya.

Namun perjalanan itu berujung tragis. Kanta jatuh sakit parah dan meninggal di tengah perjalanan, meninggalkan luka mendalam bagi Junpei. Dalam momen penuh kesedihan, Junpei membayangkan adiknya menaiki “kereta galaksi” menuju alam lain, sebuah simbol perpisahan yang begitu menyayat hati.

Puluhan tahun kemudian, Junpei kembali ke pulau tersebut untuk mengenang masa lalu. Ia bertemu dengan cucu Tanya dan mengenang persahabatan lintas budaya yang pernah ia jalani. Dalam suasana penuh haru, kisah ini ditutup dengan gambaran simbolis tentang jiwa-jiwa yang terus hidup dalam kenangan dan perdamaian.