Film aksi Ground Zero berlatar awal tahun 2000-an, mengikuti misi berbahaya Narendra Nath Dhar Dubey, perwira BSF berpangkat Second-in-Command, yang ditugaskan membongkar jaringan teror di Kashmir.

Cerita dibuka dengan munculnya kelompok 'pistol gang', sekumpulan warga lokal yang telah teradikalisasi dan melakukan pembunuhan terarah terhadap aparat keamanan di Srinagar, hingga menewaskan puluhan orang. Tim Dubey berhasil menyadap komunikasi radio berkode milik kelompok tersebut dan mulai menguraikan sebagian pesan mereka.

Ketika sebuah kode mengindikasikan rencana serangan di Delhi, tak lama kemudian terjadi serangan besar terhadap parlemen India pada 2001 yang diklaim oleh kelompok teroris Jaish-e-Mohammed yang dipimpin Ghazi Baba. Badan intelijen kemudian mengidentifikasi Tariq Malik sebagai tersangka dan melacaknya hingga ke Srinagar.

Dubey mencurigai adanya keterkaitan antara pistol gang dan Jaish-e-Mohammed. Ia mengusulkan untuk mengawasi Tariq agar bisa menelusuri jaringan yang lebih besar. Namun, tekanan politik membuat rencana itu ditolak, dan Tariq akhirnya ditangkap.

Tak menyerah, Dubey melanjutkan penyelidikan dan menemukan petunjuk bahwa anggota pistol gang berasal dari kalangan mahasiswa. Ia berhasil menangkap seorang militan bernama Hussain dan mengubahnya menjadi informan. Melalui strategi cerdik, Dubey memanfaatkan Hussain untuk mendekati Hakeem, dokter kelompok tersebut, dan memasang alat perekam suara secara diam- diam.

Dari rekaman itu, Dubey mengetahui bahwa pemimpin mereka, Ghazi Baba, berada di Srinagar dan tengah merencanakan serangan baru di Delhi. Melihat peluang langka, Dubey mencoba menangkapnya tanpa menunggu bantuan. Namun rencana itu gagal setelah Ghazi Baba menyadari situasi, membunuh Hakeem, dan melarikan diri.