Film Handsome Harry mengisahkan perjalanan emosional seorang pria bernama Harry Sweeney yang berusaha mencari pengampunan atas dosa masa lalunya kepada seorang sahabat lama dari masa dinasnya di Angkatan Laut.

Suatu hari, Harry menerima telepon dari teman lamanya sesama pelaut, Kelley, yang sedang terbaring kritis di rumah sakit. Awalnya Harry tidak ingin terlibat lagi dengan masa lalu tersebut. Namun rasa bersalah dan kenangan lama akhirnya mendorongnya untuk menemui Kelley di sebuah rumah sakit di Philadelphia.

Dalam pertemuan itu, Kelley meminta Harry melakukan satu hal terakhir sebelum ia meninggal, mencari David dan memohonkan maaf atas nama dirinya. Keesokan harinya, Kelley meninggal dunia. Permintaan terakhir itu membuat Harry memulai perjalanan untuk menemui teman-teman lamanya dari Angkatan Laut dan mengungkap kebenaran tentang sebuah kejadian kelam di masa lalu.

Harry berusaha mengingat apa yang sebenarnya terjadi pada malam ketika mereka bersama-sama menyerang David. Dalam kejadian itu, seseorang menjatuhkan generator ke tangan David hingga membuatnya cacat seumur hidup. Namun Harry tidak dapat mengingat siapa pelakunya.

Seiring waktu, rahasia masa lalu mulai terungkap. Ternyata Harry dan David pernah menjalin hubungan diam-diam saat masih bertugas di Angkatan Laut. Kelley pernah memergoki mereka dalam situasi intim di kamar mandi. Karena takut akan konsekuensi dan tekanan dari lingkungan sekitar, Harry justru berbalik melawan David.

Dalam keadaan mabuk, Kelley bersama teman-teman lainnya, termasuk Harry, melakukan kekerasan terhadap David. Pada akhirnya, kebenaran pahit terungkap, Harry sendirilah yang menjatuhkan generator tersebut ke tangan David, yang menyebabkan luka permanen dan menghancurkan hidupnya.