Film Harry Potter and the Sorcerer's Stone mengisahkan kehidupan seorang anak yatim piatu bernama Harry Potter yang sejak bayi diasuh oleh satu-satunya keluarga yang tersisa, keluarga Dursley. Ia dititipkan oleh Kepala Sekolah Hogwarts, Albus Dumbledore, bersama Profesor Minerva McGonagall dan penjaga kunci Hogwarts, Rubeus Hagrid.

Selama bertahun-tahun, keluarga Dursley menyembunyikan kebenaran tentang dunia sihir dari Harry. Namun menjelang ulang tahunnya yang ke-11, rumah mereka dibanjiri surat yang ditujukan untuk Harry. Surat-surat itu berisi kabar bahwa ia diterima belajar di Hogwarts School of Witchcraft and Wizardry. Setelah keluarga Dursley berusaha menyembunyikan surat tersebut, Hagrid akhirnya datang sendiri untuk menjemput Harry.

Bersama Hagrid, Harry membeli berbagai perlengkapan sekolah di Diagon Alley. Di sana ia mengetahui fakta mengejutkan: dirinya terkenal di dunia sihir karena selamat dari serangan penyihir jahat Lord Voldemort. Penyihir tersebut membunuh kedua orang tua Harry, tetapi secara misterius gagal membunuh Harry dan hanya meninggalkan bekas luka berbentuk petir di dahinya.

Harry kemudian berangkat ke Hogwarts menggunakan Hogwarts Express. Dalam perjalanan ia bertemu dua sahabat barunya, Ron Weasley dan Hermione Granger. Sesampainya di sekolah, para murid tahun pertama dibagi ke dalam empat asrama. Harry, Ron, dan Hermione masuk ke Gryffindor, sementara rival mereka yang sombong, Draco Malfoy, masuk ke Slytherin yang terkenal melahirkan banyak penyihir gelap.

Saat mulai mempelajari sihir dan menjelajahi Hogwarts, ketiganya tanpa sengaja memasuki koridor terlarang di lantai tiga. Di sana mereka menemukan seekor anjing raksasa berkepala tiga bernama Fluffy yang tampaknya menjaga sesuatu yang sangat penting.

Di sisi lain, Hermione yang rajin belajar sempat dijauhi teman-temannya. Pada malam Halloween, Ron tanpa sengaja menyakiti perasaannya hingga Hermione menangis di kamar mandi perempuan. Pada saat yang sama, seekor troll gunung masuk ke dalam sekolah. Harry dan Ron berhasil menyelamatkan Hermione dari monster tersebut.

Ketika para guru datang, Hermione justru menyalahkan dirinya sendiri demi melindungi mereka, yang akhirnya mempererat persahabatan mereka bertiga. Pada saat yang sama, Harry menyadari bahwa profesor ramuan, Severus Snape, mengalami luka misterius.

Saat pelajaran terbang pertamanya, Harry menunjukkan bakat luar biasa hingga Profesor McGonagall langsung menjadikannya Seeker tim Quidditch Gryffindor. Namun dalam pertandingan pertamanya, Ron dan Hermione curiga melihat Snape seperti sedang mengutuk sapu terbang Harry.

Hal itu membuat Harry semakin yakin Snape berusaha menembus koridor lantai tiga. Ketika Harry menanyakannya kepada Hagrid, tanpa sengaja Hagrid membocorkan bahwa Fluffy sedang menjaga sesuatu yang hanya diketahui oleh Dumbledore dan seorang penyihir bernama Nicholas Flamel.