Hercules menghadirkan petualangan epik yang penuh humor dan aksi dengan karakter utama Hercules, Philoctetes atau Phil, Hades, dan Megara. Film animasi ini menampilkan suara dari Tate Donovan sebagai Hercules, Danny DeVito sebagai Phil, James Woods sebagai Hades, dan Susan Egan sebagai Megara. Ceritanya terinspirasi dari mitologi Yunani dan mengikuti perjalanan seorang putra dewa yang harus membuktikan dirinya sebagai pahlawan sejati agar bisa kembali ke Olympus.

KLovers, kisah dimulai di Yunani kuno ketika Zeus dan Hera merayakan kelahiran putra mereka, Hercules. Para dewa di Olympus bersukacita, tetapi kebahagiaan itu tidak dirasakan oleh Hades, saudara Zeus yang licik dan haus kekuasaan. Hades merencanakan kudeta untuk merebut Olympus. Ia mengetahui dari para Fates bahwa dalam delapan belas tahun akan terjadi peristiwa langit yang memungkinkan ia membebaskan para Titan untuk menyerang para dewa. Namun rencana itu hanya akan berhasil jika Hercules tidak menghalanginya.

Untuk menyingkirkan ancaman tersebut, Hades mengirim dua anak buahnya, Pain dan Panic, untuk menculik bayi Hercules dan memberinya ramuan yang bisa menghilangkan keabadian seorang dewa. Mereka berhasil membuat Hercules meminum sebagian ramuan itu, tetapi belum sempat menghabiskan seluruhnya ketika sepasang petani manusia datang. Kedua iblis itu panik dan kabur, membuat Hercules kehilangan keabadian tetapi tetap memiliki kekuatan luar biasa. Bayi itu kemudian diadopsi oleh pasangan petani yang menemukannya.

Bertahun-tahun kemudian, Hercules tumbuh menjadi remaja dengan kekuatan luar biasa yang justru membuatnya sering menjadi bahan ejekan karena ia kesulitan mengendalikan tenaganya. Penasaran dengan asal-usulnya, ia pergi ke Kuil Zeus. Di sana, patung Zeus hidup dan menjelaskan bahwa Hercules sebenarnya adalah putra dewa. Zeus mengatakan bahwa Hercules bisa mendapatkan kembali statusnya sebagai dewa jika ia berhasil menjadi "true hero".

Zeus lalu mengirim Hercules bersama Pegasus, kuda bersayap yang merupakan teman masa kecilnya, untuk berlatih dengan satir bernama Philoctetes atau Phil, pelatih para pahlawan legendaris. Setelah latihan keras, Hercules pergi ke kota Thebes untuk membuktikan dirinya sebagai pahlawan. Dalam perjalanan, ia menyelamatkan seorang perempuan bernama Megara dari centaur Nessus. Tanpa diketahui Hercules, Meg sebenarnya bekerja untuk Hades karena pernah menjual jiwanya demi menyelamatkan mantan kekasihnya yang kemudian mengkhianatinya.