Setelah kejadian film pertama, Red Pucket, Nenek, Big Bad Wolf, dan Twitchy kini bergabung dengan agen rahasia Happily Ever After Agency. Wolf, Nenek, dan Twitchy mendapat misi menyelamatkan Hansel dan Gretel dari penyihir jahat bernama Verushka. Namun operasi itu berantakan, dan sang nenek justru ikut diculik.

Sementara itu, Red sedang menjalani pelatihan bersama kelompok misterius Sisters of the Hood. Ia lalu dipanggil Detektif Nicky Flippers untuk menyelidiki resep truffle rahasia superkuat yang telah dicuri. Bersama Wolf dan Twitchy, Red harus menemukan resep itu sekaligus menyelamatkan neneknya.

Penyelidikan membawa mereka ke klub malam milik Giant hingga penjara tempat Boingo ditahan. Mereka menemukan petunjuk bahwa Verushka menerima bahan-bahan khusus untuk membuat truffle ajaib. Saat tim mulai retak karena saling menyalahkan, terungkap bahwa Hansel dan Gretel justru dalang utama di balik rencana besar tersebut.

Verushka ternyata mantan teman pelatihan Nenek yang iri karena selalu kalah darinya. Demi balas dendam, ia bekerja sama dengan Hansel dan Gretel. Setelah berbagai kekacauan, Red dan Wolf berdamai lalu menyusup ke markas musuh. Namun tanpa sengaja, Red membocorkan bahan terakhir resep truffle: kacang macadamia.

Hansel dan Gretel memakan truffle itu dan berubah menjadi raksasa superkuat yang mengamuk di kota. Mereka bahkan mengkhianati Verushka dan meninggalkannya. Untungnya, Red, Nenek, Wolf, Twitchy, Verushka, dan laba-laba raksasa bernama Bitsy akhirnya bekerja sama menghentikan duo bersaudara tersebut.

Dengan tipu daya cerdik, Hansel dan Gretel dipaksa memakan lebih banyak truffle hingga tubuh mereka menggembung seperti bola pantai dan tak bisa bergerak. Keduanya ditangkap, dihukum makan brokoli serta olahraga berat. Setelah misi selesai, Nicky langsung merekrut tim untuk kasus baru tentang pria bersuling yang dikejar 10.000 tikus.