Indigo membuka cerita horor dengan fokus pada Zora yang diperankan Amanda Manopo dan adiknya Ninda yang dimainkan Nicole Rossi, dua kakak beradik yang harus hidup dengan kemampuan melihat hal-hal gaib, dibantu oleh Sekar yang diperankan Sara Wijayanto sebagai sosok yang paham seluk-beluk dunia tak kasat mata. Sejak awal, film ini langsung mengajak kita masuk ke kehidupan Zora dan Ninda yang tidak pernah benar-benar normal karena indera keenam yang mereka miliki. Kemampuan tersebut membuat mereka kerap berhadapan dengan fenomena aneh yang sulit dijelaskan secara logika.

Zora dan Ninda tumbuh dalam bayang-bayang teror yang tidak bisa dilihat orang lain. Kehidupan sehari-hari yang seharusnya berjalan wajar justru dipenuhi gangguan dari makhluk gaib yang terus mengintai. Zora sendiri sebenarnya sudah menyadari bahwa kemampuan itu telah ada sejak ia masih kecil. Namun, kedua orang tuanya memilih menutup kemampuan tersebut demi melindungi Zora agar bisa hidup seperti anak-anak lain pada umumnya. Keputusan itu membuat Zora sempat menjalani hidup yang relatif tenang, setidaknya sampai kemampuan serupa muncul kembali dalam diri Ninda.

Masalah mulai memuncak ketika Ninda menunjukkan tanda-tanda kepekaan yang jauh lebih kuat dan sulit dikendalikan. Berbeda dengan Zora yang kemampuannya sempat ditekan, Ninda justru berada dalam kondisi rentan. Ia kerap diganggu oleh makhluk tak kasat mata yang berusaha mendekat dan menguasai tubuhnya. Zora pun berada di posisi sulit karena harus menghadapi rasa takut masa lalunya sekaligus melindungi sang adik dari ancaman yang semakin nyata.

Dalam usahanya mencari jalan keluar, Zora dan Ninda akhirnya meminta bantuan Sekar, sosok yang dikenal memiliki pengetahuan luas tentang dunia gaib. Kehadiran Sekar menjadi titik balik penting karena ia tidak hanya memahami apa yang sedang dialami Ninda, tetapi juga mengungkap fakta tentang kemampuan indigo yang selama ini dianggap sebagai kutukan. Sekar membantu Zora memahami bahwa kemampuan tersebut bukan sekadar gangguan, melainkan sesuatu yang harus dihadapi dengan keberanian dan kendali diri.

Seiring waktu, Zora mulai menyadari bahwa ia tidak bisa terus menghindar dari masa lalunya. Ia harus menerima kenyataan bahwa kemampuan indigo adalah bagian dari hidupnya dan Ninda. Usaha untuk menghentikan berbagai upaya perasukan terhadap Ninda pun menjadi perjuangan utama, yang menuntut Zora untuk berdamai dengan ketakutannya sendiri. Indigo tidak hanya menyuguhkan teror supranatural, tetapi juga konflik emosional tentang keluarga, perlindungan, dan penerimaan diri.