Film Kesari Chapter 2: The Untold Story of Jallianwala Bagh dibuka dengan gambaran kelam tragedi Jallianwala Bagh massacre, ketika Brigadir Jenderal Reginald Dyer memerintahkan pasukannya menembaki kerumunan warga sipil yang tengah berkumpul damai di Amritsar. Ratusan orang tewas, sementara seorang remaja bernama Pargat Singh menjadi salah satu penyintas, meski harus kehilangan ibu dan saudara perempuannya dalam tragedi tersebut.

Pemerintah Inggris kemudian menutupi fakta sebenarnya dengan menghancurkan edisi surat kabar Punjab Samachar yang mengungkap kejadian nyata, dan justru menyebarkan narasi palsu bahwa para korban adalah pemberontak yang menyerang tentara, padahal tidak ada satu pun tentara yang terluka.

Cerita kemudian beralih ke C. Sankaran Nair, seorang pengacara terkemuka dan anggota Dewan Viceroy yang baru saja dianugerahi gelar kebangsawanan oleh Inggris. Nair bertemu Pargat usai tragedi dan menasihatinya untuk meninggalkan perlawanan bersenjata serta kembali bersekolah. Namun tak lama kemudian, ia mendengar kabar bahwa Pargat meninggal secara tragis.

Nair ditugaskan pemerintah kolonial untuk menyelidiki pembantaian tersebut dengan harapan ia akan menyusun laporan yang menguntungkan pihak Inggris. Namun, seorang mahasiswi hukum bernama Dilreet Gill diam-diam menemukan salinan Punjab Samachar yang selamat dan memperlihatkannya kepada Nair, membuka fakta tentang kebrutalan Dyer.

Menyadari besarnya kejahatan tersebut, Nair mengecam Dyer di hadapan Dewan Viceroy. Namun suaranya diabaikan, bahkan ia diperingatkan untuk tidak menentang kekuasaan Inggris. Diliputi rasa bersalah atas nasib Pargat, Nair, dengan dukungan Dilreet, memutuskan untuk menggugat pemerintah Inggris dan Dyer atas tuduhan genosida.

Dalam persidangan awal, Nair berhasil memenangkan kasus, membuat Dyer mempertimbangkan untuk membunuhnya. Namun rencana itu diurungkan karena status Nair yang tinggi. Sebagai gantinya, Dyer menunjuk pengacara Anglo-India bernama Neville McKinley untuk membela pihak Inggris dalam persidangan lanjutan.