Film L2: Empuraan dibuka dengan tragedi kelam pada tahun 2002, saat kerusuhan komunal pecah di Gujarat antara kelompok ekstremis Hindu dan Muslim pasca insiden pembakaran kereta di Godhra. Dalam kekacauan itu, seorang remaja bernama Zayed Masood bersama keluarganya terpaksa melarikan diri. Mereka menemukan perlindungan di rumah Subhadra Ben, wanita baik hati yang memimpin keluarga bangsawan besar. Ia mencoba menenangkan mereka dengan mengatakan bahwa politik di negara tersebut hanyalah bisnis, dan situasi akan segera membaik.

Namun, harapan itu pupus ketika Munna, keponakan Subhadra Ben yang menyimpan kebencian terhadap Muslim, mengkhianati mereka dengan memberi tahu kakaknya, Balraj Patel, pemimpin ekstremis Hindu. Balraj kemudian memimpin massa untuk menyerang dan membantai keluarga Zayed, termasuk kedua orang tuanya.

Kakak perempuannya, Haniya, juga tewas secara tragis. Subhadra Ben pun ikut dibunuh karena dianggap mengkhianati komunitasnya. Dalam keputusasaan, Zayed melarikan diri bersama adiknya, Zaheer, namun akhirnya kehilangan segalanya ketika sang adik juga ditemukan meninggal. Kehilangan itu meninggalkan luka mendalam bagi Zayed.

Beralih ke masa kini, enam tahun setelah menjabat sebagai Kepala Menteri Kerala, Jathin Ramdas berubah menjadi sosok yang egois, korup, dan penuh manipulasi. Ia kini berada dalam penyelidikan berbagai badan intelijen terkait kasus korupsi dan pencucian uang. Kakaknya, Priyadarshini, merasa khawatir dengan perubahan drastis tersebut, hingga terjadi konflik yang membuat sejumlah kebenaran terungkap ke publik.

Situasi politik semakin memanas ketika partai Jathin, Indian Union Front (IUF), mulai goyah akibat munculnya partai sayap kanan Akhanda Shakthi Morcha (ASM). Secara mengejutkan, Jathin mengundurkan diri dari IUF dan membentuk faksi baru bernama IUF (PKR), yang justru bersekutu dengan ASM.

Pemimpin ASM ternyata adalah Balraj, yang kini beroperasi dengan identitas baru sebagai Baba Bajrangi. Ia memiliki ambisi memperluas kekuasaan dengan memanfaatkan konflik sosial demi kepentingan politiknya.

Di sisi lain, Govardhan tengah menyelidiki keberadaan Stephen Nedumpally, anak angkat P. K. Ramdas, yang menghilang dari dunia politik setelah Jathin berkuasa.

Cerita juga merambah ke ranah internasional. Di Inggris, kepala MI6 Boris Oliver memburu jaringan rahasia internasional Khureshi Ab'raam. Sementara itu, agen Interpol Robert McCarthy diam-diam bersekongkol dengan bos kriminal Afrika, Kabuga, dan Sergei Leonov untuk menyelundupkan narkoba. Konflik brutal pun pecah di perbatasan Senegal–Guinea-Bissau, yang ternyata diatur oleh Khureshi Ab’raam untuk mengendalikan jalur perdagangan ilegal.

Menariknya, Khureshi yang menentang perdagangan narkoba justru menghentikan operasi tersebut dan menyingkirkan Robert serta Leonov. Ia kemudian mengatur pertemuan dengan Kabuga di Qaraqosh. MI6 menugaskan agen Michele Menuhin, kekasih Robert, untuk memburu Khureshi. Namun tanpa ia ketahui, Boris ternyata memiliki hubungan rahasia dengan jaringan Khureshi dan diam-diam membocorkan informasi kepadanya.