Soren, burung hantu muda yang tinggal di Tyto Forest, sangat mengagumi kisah para Guardians of Ga’Hoole, kelompok burung hantu legendaris penjaga kedamaian. Namun kakaknya, Kludd, justru iri dan sering meremehkan mimpi Soren. Saat keduanya jatuh dari sarang, mereka diculik pasukan Pure Ones, kelompok jahat yang ingin menguasai dunia burung hantu.

Di markas St. Aegolius, para burung hantu muda dipisah menjadi prajurit atau pekerja paksa. Soren dan sahabat barunya, Gylfie, dijadikan pemetik logam untuk membuat senjata berbahaya. Sementara itu Kludd justru terpikat janji kekuasaan dan bergabung dengan Pure Ones. Dengan bantuan Grimble, burung hantu yang diam-diam menentang kejahatan mereka, Soren dan Gylfie berhasil kabur.

Dalam perjalanan mencari Guardians, mereka bertemu Twilight, Digger, dan kembali bertemu Mrs. P. Setelah melewati badai besar, rombongan akhirnya tiba di Pohon Ga’Hoole, markas para Guardians. Soren memperingatkan ancaman Pure Ones, tetapi banyak yang ragu hingga bukti mulai bermunculan.

Saat adik Soren, Eglantine, ditemukan dalam kondisi terkena pengaruh jahat musuh, terungkap bahwa Kludd telah mengkhianati keluarganya. Guardians pun terbang menuju pertempuran, namun ternyata itu jebakan. Pasukan musuh memakai logam khusus untuk melumpuhkan para penjaga.

Soren dan teman-temannya berjuang membebaskan Guardians. Di tengah perang besar, Soren harus menghadapi Kludd yang telah berubah kejam. Pertarungan saudara itu berakhir tragis ketika Kludd jatuh ke dalam api. Soren lalu menantang pemimpin Pure Ones, Metal Beak, dan berhasil mengalahkannya.

Setelah kemenangan diraih, Soren dipertemukan kembali dengan keluarganya. Ia bersama Gylfie, Twilight, dan Digger diangkat menjadi Guardians baru. Namun ancaman belum sepenuhnya berakhir karena Nyra berhasil melarikan diri, dan nasib Kludd masih menjadi misteri.