Film anime Mobile Suit Gundam GQuuuuuuX: Beginning mengambil latar waktu tahun U.C. 0085, lima tahun setelah kemenangan Principality of Zeon dalam perang besar One Year War.

Cerita berfokus pada seorang siswi SMA bernama Amate Yuzuriha yang tinggal di koloni luar angkasa Side 6, tepatnya di wilayah Izuma Colony. Hidupnya berubah ketika ia bertemu dengan seorang pengungsi perang bernama Nyaan.

Pertemuan tak terduga itu membuat Amate terseret dalam sebuah insiden besar ketika pasukan Zeon dan Kepolisian Luar Angkasa sama-sama memburu sebuah Mobile Suit legendaris yang hilang, yakni Red Gundam, yang tiba-tiba muncul kembali.

Untuk menangkap Red Gundam, Zeon mengirim seorang pilot bernama Xavier Olivette yang mengendarai prototipe Gundam terbaru bernama gMS-Ω GQuuuuuuX, sebuah Mobile Suit eksperimental yang dirancang khusus untuk pilot bertipe Newtype.

Namun misi tersebut berakhir kacau. Saat mencoba menangkap Red Gundam, Xavier mengalami kecelakaan dan Mobile Suit miliknya menabrak koloni luar angkasa. Ia pun terlempar keluar dari kokpit GQuuuuuuX.

Dalam situasi genting itu, Amate secara nekat masuk ke kokpit GQuuuuuuX dan mengambil alih kendali Mobile Suit tersebut. Ia bahkan berhasil mengalahkan pasukan Kepolisian Luar Angkasa, sekaligus memberi kesempatan bagi Red Gundam untuk melarikan diri.

Setelah kejadian tersebut, GQuuuuuuX dibawa oleh kelompok mekanik bawah tanah bernama Pomeranians. Kelompok ini dikenal mengikuti pertandingan ilegal Mobile Suit berisiko tinggi yang disebut Clan Battles.

Tak lama kemudian, Amate bertemu dengan pilot Red Gundam bernama Shuji. Pertemuan itu membuat Amate memutuskan untuk bergabung dengan Shuji dan tim Pomeranians, bertarung bersamanya dalam Clan Battles dengan mengendarai GQuuuuuuX.