Pada UC 0096, konflik besar yang dikenal sebagai 'Laplace Incident' berakhir dengan bubarnya kelompok sisa Neo Zeon, 'Sleeves'. Dua unit legendaris, Unicorn Gundam dan Banshee, dikabarkan telah dibongkar. Terungkapnya draf asli Piagam Universal Century juga membuat keberadaan Newtype beserta hak-hak yang dijanjikan akhirnya diketahui publik.

Namun setahun kemudian, tepatnya UC 0097, dunia nyaris tidak berubah meski fakta besar tersebut telah terungkap. Situasi kembali memanas saat RX-0 Gundam Unit 3 Phenex, 'saudara' dari Unicorn dan Banshee, muncul kembali setelah menghilang selama dua tahun. Kemunculan ini memicu Federasi Bumi meluncurkan operasi 'Phoenix Hunt' untuk menangkap mobile suit tersebut.

Di sisi lain, Menteri Monaghan Bakharo dari Republik Zeon diam-diam menggerakkan pasukannya melalui agen Ellic Hugo dengan tujuan yang sama. Sementara itu, Mineva Lao Zabi sebagai figur 'putri' Zeon mencoba menentang ambisi tersebut, meski tidak bisa campur tangan secara langsung.

Perusahaan besar Luio & Co. kemudian menugaskan Michele Luio dan pilot Jona Basta untuk membantu Federasi dengan membawa RX-9 Narrative Gundam. Menariknya, Jona dan Michele memiliki hubungan masa lalu dengan Rita Bernal, teman masa kecil mereka yang diyakini menjadi pengendali Phenex.

Rita, Michele, dan Jona dikenal sebagai 'Miracle Children' setelah berhasil memprediksi jatuhnya koloni dalam Operation British di awal One Year War, yang menyelamatkan banyak nyawa. Namun, hanya Rita yang benar-benar menunjukkan kemampuan Newtype sejati.

Tim Federasi dan Zeon akhirnya mendeteksi keberadaan Phenex di sebuah koloni pendidikan di Side 6. Kedua pihak berlomba menuju lokasi, namun Phenex justru tidak ditemukan. Situasi berubah kacau saat pilot Zeon, Zoltan Akkanen, produk gagal dari proyek penciptaan Full Frontal, menyerang menggunakan Sinanju Stein dan menyebabkan kerusakan besar.

Zoltan kemudian memanggil mobile armor raksasa II Neo Zeong untuk menghancurkan Jona dan Narrative Gundam. Serangan brutal itu bahkan menembus dinding koloni. Di tengah kekacauan, Phenex akhirnya muncul, menghentikan konflik sejenak sebelum kembali menghilang, meninggalkan misteri yang belum terpecahkan.