Pada Mei C.E.75, setahun setelah berakhirnya perang Second Alliance-PLANT, sisa-sisa kelompok teroris anti-Coordinator, Blue Cosmos, masih terus melancarkan serangan di Bumi. Untuk menjaga perdamaian, dibentuklah organisasi pemantau dunia bernama Compass di bawah kepemimpinan Kepala Perwakilan Orb, Cagalli Yula Athha, dan mantan Ketua Dewan Tertinggi PLANT, Lacus Clyne, yang juga menjabat sebagai presiden organisasi tersebut.

Sementara itu, komandan tertinggi Compass, Kira Yamato, memimpin timnya yang terdiri dari Shinn Asuka, Lunamaria Hawke, dan Agnes Giebenrath untuk membasmi sisa kekuatan Blue Cosmos menggunakan kapal Millennium. Dalam sebuah pertemuan di PLANT, Lacus secara terbuka mengungkapkan harapannya untuk segera mengakhiri konflik, sekaligus ingin membebaskan Kira dari beban peperangan yang terus menghantuinya.

Di Bumi, kerajaan baru bernama Foundation yang berada di wilayah Eurasia mengusulkan operasi gabungan dengan Compass untuk menghadapi Blue Cosmos. Setelah berdiskusi, Lacus dan Kira sepakat menerima tawaran tersebut dan bertemu langsung dengan pemerintah Foundation.

Kapal Millennium pun turun ke Bumi, didampingi kapal perang Archangel yang dipimpin oleh Murrue Ramius. Setibanya di sana, mereka disambut oleh Perdana Menteri Foundation, Orphee Lam Tao, serta Ratu Aura Maha Khyber. Namun, suasana mulai memanas ketika tim Compass bertemu dengan pasukan mobile suit elit Foundation, Black Knights, yang menunjukkan sikap arogan dan meremehkan, memicu ketegangan di antara kedua pihak.

Di sisi lain, hubungan pribadi juga mulai terguncang. Agnes terang-terangan menggoda Kira di atas Millennium, yang secara tidak sengaja didengar oleh Lacus. Hal ini membuat Lacus terluka dan pergi menjauh. Saat Kira berusaha mencarinya, ia justru dihadang Orphee yang dengan percaya diri menyatakan bahwa dirinya lebih pantas menjadi pasangan Lacus dibanding Kira.

Konflik memuncak saat operasi gabungan berlangsung. Foundation tiba-tiba berkhianat dan berbalik menyerang Compass serta Earth Alliance. Orphee memerintahkan Black Knights untuk menjebak Kira. Dalam pertempuran, Kira mengalami serangan telepati yang mengendalikan pikirannya, memaksanya mengejar pemimpin Blue Cosmos, Michael, hingga tanpa sadar melintasi batas wilayah Eurasia.

Karena melanggar batas operasi, Kira justru diserang balik dan dicap sebagai pengkhianat. Dalam kondisi terpojok, ia dihajar habis oleh Black Knights. Situasi semakin buruk ketika Agnes mengkhianati Compass dan membantu pihak lawan untuk menjatuhkan Kira.

Tak berhenti di situ, Black Knights meluncurkan misil nuklir dari pangkalan militer Eurasia yang dibajak, dengan tujuan menghancurkan kerajaan Foundation sekaligus menjebak Eurasia sebagai dalang. Kapal Archangel pun disergap dan dihancurkan, sementara Shinn ikut tumbang dalam pertempuran sebelum akhirnya diselamatkan oleh Hilda.

Berkat bantuan Athrun Zala, Meyrin Hawke, dan Mu La Flaga, beberapa kru Archangel berhasil selamat. Namun, kehancuran tak terelakkan, wilayah Eldore dan ibu kota Foundation, Ishtaria, luluh lantak akibat serangan nuklir. Di tengah kekacauan itu, para pemimpin Foundation menculik Lacus dan membawanya ke markas mereka di luar angkasa.