Film anime Mobile Suit Gundam Thunderbolt: Bandit Flower mengambil latar waktu yang sama dengan kisah Mobile Suit Gundam, tepatnya di tengah konflik besar yang dikenal sebagai One Year War. Meski berada dalam periode yang sama, cerita ini berdiri sebagai kisah alternatif dan tidak termasuk dalam kanon utama serial aslinya.

Pada tahun U.C. 0079, pasukan Earth Federation yang tergabung dalam Moore Brotherhood terlibat pertempuran sengit melawan unit elit Principality of Zeon bernama Living Dead Division.

Pertempuran brutal ini terjadi di wilayah luar angkasa berbahaya yang disebut Thunderbolt Sector. Area tersebut dipenuhi puing-puing koloni luar angkasa yang hancur akibat perang. Kondisi lingkungan yang penuh serpihan logam serta gangguan listrik yang sering terjadi membuat wilayah ini dijuluki 'Thunderbolt'.

Sejak awal perang, pasukan Zeon berhasil menguasai Thunderbolt Sector karena kawasan tersebut merupakan jalur logistik penting menuju benteng asteroid milik mereka, A Baoa Qu.

Di tengah medan perang yang kacau itu, cerita berfokus pada duel sengit antara dua pilot berbakat dari kubu yang berseberangan. Dari pihak Federasi ada Io Fleming, seorang pilot Mobile Suit yang berani dan agresif. Sementara dari pihak Zeon ada penembak jitu terbaik mereka, Daryl Lorenz.

Pertarungan keduanya di tengah hujan puing koloni dan badai listrik di Thunderbolt Sector menjadi simbol kerasnya konflik antara Federasi dan Zeon dalam perang yang menentukan masa depan umat manusia di luar angkasa.