Berlatar tahun U.C. 0087, tujuh tahun setelah berakhirnya One Year War, situasi dunia masih jauh dari kata damai. Pasca peristiwa Operation Stardust, Federasi Bumi membentuk unit elit anti- pemberontakan bernama Titans untuk memburu sisa-sisa pasukan Zeon.

Namun, dalam perjalanannya, Titans justru berubah menjadi kelompok yang bertindak brutal. Mereka mulai menggunakan cara-cara kejam demi mencapai tujuan, hingga akhirnya menjelma menjadi tiran yang ambisius untuk menguasai seluruh wilayah Bumi dan luar angkasa.

Sebagai perlawanan, dua kelompok anti-Titans pun terbentuk, yakni AEUG (Anti-Earth Union Group) dan Karaba yang beroperasi di Bumi di bawah pimpinan Hayato Kobayashi. Kedua kelompok ini berupaya menyatukan berbagai kekuatan kecil untuk melawan dominasi Titans. Anggotanya terdiri dari mantan tentara Federasi yang membelot, bekas pasukan Zeon, hingga milisi dari koloni luar angkasa.

Salah satu tokoh penting adalah Bright Noa yang kembali sebagai kapten kapal penyerang Argama, kapal utama armada AEUG. Sementara itu, Quattro Bajeena, yang sebenarnya adalah pilot legendaris Char Aznable dengan julukan “Red Comet”, menjadi sosok kunci dalam perlawanan ini.

Di tengah konflik, muncul Kamille Bidan, remaja 17 tahun dari koloni Green Noa 1 di Side 7. Karena kebenciannya terhadap Titans, ia memutuskan bergabung dengan AEUG. Quattro kemudian membimbing Kamille dan menjadi mentornya dalam dunia pertempuran.

Film ini juga menyoroti kerja sama antara Kamille dan Amuro Ray, sekaligus ketegangan emosional antara Amuro dan Char. Di balik garis depan, perjuangan AEUG dan Karaba mendapat dukungan dari berbagai perusahaan di Bumi dan luar angkasa, terutama perusahaan berbasis di bulan.

Selain bantuan dana, perusahaan raksasa manufaktur Anaheim Electronics turut menyediakan dukungan logistik dan teknologi, mulai dari kapal luar angkasa, mobile suit, hingga persenjataan canggih untuk mendukung perjuangan melawan Titans.