Saat mengawal Putri Nefertari Vivi kembali ke kampung halamannya di Kerajaan Alabasta, kru Straw Hat Pirates sempat bertemu dengan anggota Baroque Works, Mr. 2 Bon Clay. Ia menunjukkan kekuatan buah iblisnya yang memungkinkan dirinya meniru wajah dan suara siapa pun yang pernah disentuhnya.

Setelah ia pergi, Vivi menjelaskan bahwa pemimpin Baroque Works, Crocodile, yang berpura-pura menjadi pahlawan negara, sebenarnya menciptakan kekeringan buatan selama tiga tahun dan memanipulasi pasukan kerajaan serta pemberontak agar saling berperang demi merebut kekuasaan Alabasta.

Sesampainya di Alabasta, Topi Jerami menemukan markas pemberontak kosong dan memutuskan mencegat mereka di ibu kota, Alubarna. Crocodile bersama partner-nya, Ms. All Sunday, mencoba menculik Vivi. Namun, Monkey D. Luffy menahan Crocodile agar yang lain bisa kabur.

Sayangnya, Luffy kalah setelah Crocodile menggunakan kekuatan pasirnya, menusuknya dengan kait, dan menguburnya hidup-hidup. Di kota pelabuhan Nanohana, pasukan pemberontak yang dipimpin sahabat masa kecil Vivi, Koza, melihat anggota Baroque Works menyamar sebagai tentara kerajaan dan membakar kota.

Mereka pun memutuskan menyerang Alubarna. Di saat yang sama, Mr. 2 menyamar sebagai Raja Nefertari Cobra dan memerintahkan pasukan kerajaan untuk bertempur. Kru Topi Jerami akhirnya tiba di Alubarna, di mana para agen Baroque Works sudah menunggu.

Mereka berpencar untuk mengalihkan perhatian musuh agar Vivi bisa menghentikan pemberontak. Usopp dan Tony Tony Chopper mengalahkan Mr. 4 dan Miss Merry Christmas, Sanji menumbangkan Mr. 2, Nami mengalahkan Ms. Doublefinger, dan Roronoa Zoro berhasil memotong baja saat mengalahkan Mr. 1.

Namun, usaha Vivi menghentikan perang gagal. Ia bergegas ke istana dan membujuk kapten pasukan kerajaan, Chaka, untuk meledakkan istana agar kedua pasukan berhenti dan mendengarkan.

Sayangnya, Crocodile dan Ms. All Sunday muncul dan menggagalkan rencana tersebut. Koza kemudian menyaksikan Crocodile menginterogasi Raja Cobra yang asli, yang dipaku di dinding, tentang senjata kuno Pluton. Menyadari kebenaran, Koza dan Chaka mencoba melawan, namun dengan cepat dikalahkan.