Pada tahun 2019, pemerintah India mencabut Pasal 370 Konstitusi India yang memberikan status khusus bagi wilayah Jammu dan Kashmir. Keputusan ini membawa dampak bagi seorang perwira militer Pakistan yang menderita kanker, Jenderal Qadir. Dipenuhi dendam, ia memutuskan untuk membalas India dengan bekerja sama dengan organisasi teroris swasta bernama Outfit X.

Setelah pulih dari misi di Myanmar, Pathaan dan Nandini membentuk unit khusus bernama Joint Operations and Covert Research (J.O.C.R.), yang merekrut mantan agen dan tentara yang sudah pensiun namun masih ingin mengabdi pada negara. Dengan izin Kolonel Sunil Luthra, Pathaan dan timnya berangkat ke Dubai untuk menggagalkan rencana Outfit X yang diduga ingin menyerang Presiden India.

Namun, mereka terlambat menyadari bahwa target sebenarnya bukan Presiden, melainkan dua ilmuwan, Dr. Farooqui dan Dr. Sahani, yang seharusnya menjadi bagian dari iring-iringan Presiden.

Seorang agen intelijen India (RAW) bernama Pathaan pergi ke Afrika dan berhasil menangkap seorang pedagang senjata bernama Raafe, yang terkejut mengetahui bahwa Pathaan masih hidup.

Di India, seorang agen muda bertanya tentang misi Pathaan, dan Nandini Grewal, rekan sekaligus sesama agen RAW, mulai menceritakan masa lalu Pathaan setelah mereka menemukan sesuatu yang telah lama mereka cari.