Film silat epik Pendekar Tongkat Emas mengikuti kisah Cempaka, seorang pendekar legendaris yang dikenal sebagai Pendekar Tongkat Emas. Ia memiliki empat murid, Biru, Gerhana, Dara, dan Angin, yang semuanya merupakan anak dari musuh-musuh yang pernah ia kalahkan.

Saat kondisi kesehatannya semakin memburuk, Cempaka menunjuk Dara sebagai penerusnya. Namun sebelum sempat mengajarkan jurus pamungkas Tongkat Emas, ia disergap oleh Biru dan Gerhana yang mengincar kekuatan tongkat tersebut. Pertarungan sengit pun terjadi hingga Cempaka tewas, namun pengorbanannya memberi waktu bagi Dara dan Angin untuk melarikan diri.

Biru dan Gerhana terus mengejar Dara dan Angin. Dalam pelarian, keduanya terjatuh dari tebing saat bertarung, tetapi diselamatkan oleh pria misterius bernama Elang. Dara dan Angin berniat mencari Pendekar Naga Putih, rekan lama Cempaka, untuk mempelajari jurus pamungkas Tongkat Emas. Namun, Elang memperingatkan bahwa mereka belum siap.

Situasi semakin rumit ketika Dara dan Angin dijebak dan dianggap sebagai penyebab kematian Cempaka. Angin pun ditangkap oleh kelompok Pendekar Sayap Merah. Demi menyelamatkan Angin, Dara menukar Tongkat Emas kepada Biru dan Gerhana. Namun, kesepakatan itu dilanggar, dan Angin tewas saat berusaha melindungi Dara.

Biru dan Gerhana kemudian menguasai kelompok Sayap Merah dengan cara meracuni pemimpinnya, sama seperti yang mereka lakukan pada Cempaka. Diliputi amarah dan duka, Dara menyusup ke markas mereka untuk membalas dendam. Namun, Elang kembali menghentikannya karena menilai Dara belum cukup kuat.

Elang kemudian mengungkap jati dirinya sebagai anak Cempaka dan Pendekar Naga Putih yang telah meninggal. Ia adalah satu-satunya yang mengetahui jurus pamungkas Tongkat Emas, yang ternyata hanya bisa dilakukan oleh dua pendekar sekaligus. Dara pun menyadari bahwa Angin seharusnya menjadi partnernya dalam mempelajari jurus tersebut.

Akhirnya, dengan melanggar janji kepada ayahnya dan nasihat dewan tinggi, Elang setuju melatih Dara. Sementara itu, Biru dan Gerhana mengubah kelompok Sayap Merah menjadi pasukan Pendekar Tongkat Emas, sekaligus mempererat hubungan mereka sebagai pasangan.