Sekitar 100 tahun lalu, di wilayah gurun yang kelak menjadi Kota Dahara, muncul Pokémon misterius bernama Hoopa dalam wujud kuatnya, Hoopa Unbound. Ia dengan sombong memamerkan kekuatannya dengan memanggil Pokémon legendaris seperti Kyogre dan Groudon melalui cincin dimensi miliknya.

Awalnya warga terkesan, namun situasi berubah ketika Hoopa terus memanggil Pokémon lain seperti Reshiram, Zekrom, dan Regigigas hingga kota hampir hancur.

Seorang pria misterius dengan kekuatan Arceus akhirnya menghentikan Hoopa dengan menyegelnya ke dalam Botol Penjara, menyelamatkan kota dari kehancuran.