Kisah dimulai saat Ash Ketchum terlambat datang ke lab Professor Oak dan kehabisan Pokémon starter. Ia akhirnya mendapatkan Pikachu, meski awalnya sulit diatur. Dalam perjalanan pertama mereka, hubungan keduanya mulai terjalin setelah Pikachu menyelamatkan Ash dari serangan Spearow. Momen itu juga membawa mereka melihat Ho-Oh dan mendapatkan Rainbow Wing, tanda takdir untuk bertemu Pokémon legendaris tersebut.

Dalam petualangannya, Ash bertemu dua teman baru, Verity dan Sorrel. Mereka bersama-sama menjelajahi berbagai tempat, menangkap Pokémon, dan menghadapi tantangan. Salah satu momen penting terjadi saat mereka menyelamatkan Charmander yang ditinggalkan pelatihnya, Cross, lalu mengajaknya bergabung dalam tim.

Seiring perjalanan, Ash belajar banyak tentang arti persahabatan dan pengorbanan, termasuk saat harus melepaskan Butterfree miliknya. Namun, konflik memuncak ketika Cross kembali dan mengalahkan Charmeleon milik Ash, membuatnya goyah dan meragukan dirinya sendiri sebagai pelatih Pokémon.

Dalam kondisi terpuruk, Ash dipengaruhi oleh Marshadow hingga terjebak dalam ilusi dunia tanpa Pokémon. Dari pengalaman itu, ia sadar bahwa Pokémon adalah bagian penting dalam hidupnya. Semangatnya bangkit kembali, dan ia kembali berjuang bersama Pikachu.

Di Gunung Tensei, pertarungan besar terjadi saat Marshadow mengendalikan Pokémon lain. Ash sempat hancur, namun bangkit kembali berkat ikatan kuatnya dengan Pikachu. Akhirnya, Ho-Oh muncul dan mengakui perjalanan Ash, menandai awal petualangan baru bagi mereka berdua.