Film drama remaja R: Raja, Ratu & Rahasia menghadirkan kisah tentang kehilangan, persahabatan, dan rahasia yang perlahan terungkap.

Cerita berpusat pada Ratu (Aurora Ribero), gadis remaja yang hidup dalam kesepian setelah kedua orang tuanya meninggal akibat kecelakaan pesawat. Kakaknya, Reon (Dimas Beck), terlalu sibuk bekerja menggantikan posisi sang ayah, membuat Ratu merasa semakin sendiri. Dalam upaya mencari kebahagiaan, Ratu diam-diam bergabung dengan sebuah ekskul misterius bernama Komplotan Rahasia, yang perlahan mengembalikan keceriaannya.

Di sisi lain, ada Raja (Brandon Salim), sosok remaja yang terlihat santai, ceroboh, dan gemar berutang di kantin sekolah. Namun di balik sikapnya yang santai, Raja menyimpan rahasia besar tentang masa depannya. Ia juga diam-diam menaruh perasaan pada Ratu, yang semakin dalam ketika ia diminta menjaga Ratu di rumahnya saat Reon sibuk bekerja.

Konflik mulai muncul ketika Raja mengetahui Ratu bergabung dengan Komplotan Rahasia, kelompok yang sangat ia benci. Dengan tegas, Raja meminta Ratu keluar, namun Ratu menolak karena merasa menemukan tempat yang membuatnya bahagia. Hubungan mereka pun memanas, terlebih saat Ratu mulai mengetahui rahasia yang selama ini disembunyikan Raja.

Di titik inilah, keduanya harus menghadapi perasaan, kepercayaan, dan pilihan sulit yang bisa mengubah hubungan mereka selamanya.