Film aksi samurai Rurouni Kenshin Part II: Kyoto Inferno melanjutkan perjalanan Himura Kenshin dalam menghadapi ancaman besar yang bisa mengguncang Jepang.

Cerita dimulai ketika mantan pembunuh bayaran Shishio Makoto, yang dulu membantu pemerintah menggulingkan Keshogunan Tokugawa, justru dikhianati dan kini berbalik menjadi pemberontak berbahaya. Di sebuah tambang di Prefektur Hyōgo, Shishio dan anak buahnya membantai pasukan polisi yang dipimpin Saitō Hajime, lalu mengumumkan ambisinya untuk menaklukkan Jepang.

Sementara itu, Kenshin masih hidup tenang di dojo Kamiya Kaoru bersama Yahiko, Sanosuke, dan Megumi. Kedamaiannya terganggu ketika pemerintah meminta bantuannya menghentikan Shishio yang mulai meneror Kyoto. Awalnya Kenshin menolak, tetapi setelah pejabat pemerintah Ōkubo Toshimichi dibunuh oleh anak buah Shishio, Seta Sōjirō, Kenshin akhirnya memutuskan pergi ke Kyoto.

Dalam perjalanan, Kenshin bertemu Makimachi Misao, gadis ninja ceria yang kemudian membantunya. Mereka menyaksikan sendiri kekejaman anak buah Shishio terhadap warga desa. Identitas Kenshin sebagai Hitokiri Battōsai pun kembali terungkap. Kenshin kemudian berhadapan langsung dengan Shishio dan Sōjirō, namun pedang sakabato miliknya berhasil dipatahkan.

Sesampainya di Kyoto, Kenshin berlindung di penginapan milik Okina, mantan anggota Oniwabanshu, kelompok ninja rahasia era lama. Di sana, Kenshin mengetahui bahwa Shinomori Aoshi, mantan pemimpin Oniwabanshu bertekad membunuhnya demi membuktikan diri sebagai yang terkuat.

Di sisi lain, Kaoru, Yahiko, dan Sanosuke menyusul Kenshin ke Kyoto. Kenshin juga mencari pembuat pedang baru setelah sakabato lamanya hancur. Saat seorang anak diculik oleh salah satu prajurit elit Shishio, Sawagejō Chō, Kenshin kembali bertarung dan memperoleh pedang sakabato baru.

Dari hasil penyelidikan, terungkap bahwa rencana besar Shishio bukan hanya menghancurkan Kyoto, melainkan membakar Tokyo demi menggulingkan pemerintahan baru Jepang. Pertempuran besar pun pecah antara pasukan pemerintah, Kenshin, dan para ninja Oniwabanshu melawan kelompok Shishio.

Menjelang akhir film, Kenshin mengejar Shishio ke kapal perang miliknya setelah Kaoru diculik oleh Sōjirō. Duel sengit terjadi di tengah lautan hingga Kaoru terjatuh ke laut. Tanpa ragu, Kenshin melompat untuk menyelamatkannya. Film berakhir saat tubuh Kenshin yang tak sadarkan diri ditemukan seorang pria misterius di tepi pantai.