Film anime aksi fantasi Saint Seiya: Legend of Sanctuary membuka cerita dengan peristiwa dramatis di Sanctuary. Aiolos, Gold Saint Sagittarius, sedang dikejar oleh dua Gold Saint lainnya, Shura dari Capricorn dan Saga dari Gemini.

Mereka diperintahkan oleh Paus Sanctuary untuk membunuh Aiolos karena dituduh berkhianat. Dalam pertarungan sengit itu, Aiolos terluka parah, sementara Saga tewas dalam konflik tersebut.

Di saat yang sama, di wilayah Pegunungan Himalaya, seorang pria kaya bernama Mitsumasa Kido bersama pelayannya Tatsumi menjelajahi sebuah gua es. Di dalam gua, Mitsumasa menemukan seorang bayi perempuan dan Aiolos yang hampir mati.

Dengan sisa kekuatan Cosmo-nya, Aiolos menjelaskan bahwa Paus Sanctuary telah memfitnahnya sebagai pengkhianat, padahal ia melarikan diri demi menyelamatkan bayi tersebut. Bayi itu ternyata adalah reinkarnasi dari dewi Athena.

Aiolos juga mengatakan bahwa dalam enam belas tahun, para pemuda pemberani yang disebut Saints akan muncul untuk melindunginya. Setelah itu Aiolos meninggal, meninggalkan Sagittarius Gold Cloth sebagai warisan.

Enam belas tahun kemudian, bayi itu telah tumbuh menjadi gadis bernama Saori Kido. Ia adalah gadis cantik yang sering terganggu oleh kekuatan misterius dalam dirinya.

Saat sedang bepergian bersama Tatsumi, ia diberi tahu bahwa mendiang kakek angkatnya, Mitsumasa, telah melindunginya selama ini karena ia sebenarnya adalah reinkarnasi Dewi Athena, serta tentang keberadaan para Saints.

Tiba-tiba mereka diserang oleh para Saint yang dikirim untuk membunuh Saori. Namun ia diselamatkan oleh Seiya, Pegasus Bronze Saint. Tak lama kemudian teman-temannya sesama Bronze Saint, Hyoga, Shiryu, dan Shun, datang untuk membantu melindunginya.

Malam harinya di kediaman keluarga Kido, muncul Aiolia, Gold Saint Leo dan adik Aiolos. Ia datang untuk mengambil kembali Sagittarius Cloth milik kakaknya serta membunuh Saori karena menganggapnya Athena palsu.

Setelah para Bronze Saint dikalahkan, Tatsumi akhirnya menyerahkan Sagittarius Cloth. Namun sebelum itu, Saori menunjukkan kekuatan Cosmo miliknya. Keraguan pun muncul dalam diri Aiolia, sehingga ia memutuskan pergi sambil meminta Saori datang ke Sanctuary untuk membuktikan bahwa ia benar-benar Athena.

Setelah mengetahui tujuan tersebut dari Seiya dan kawan-kawan, Saori setuju pergi ke Sanctuary untuk menghadapi Paus yang berkuasa di sana. Namun sebelum mereka berangkat, seorang Silver Saint bernama Sagitta tiba-tiba menembakkan panah ke arah Saori lalu melarikan diri.

Shiryu mengejarnya, tetapi Sagitta disergap dan dibakar hidup-hidup oleh kakak Shun yang misterius, Ikki, Phoenix Bronze Saint penyendiri, sebelum ia sempat melaporkan kejadian itu kepada Paus.