Pada tahun 1572, seorang penyihir jahat bernama Mother Malkin dipenjara di bawah tanah oleh Gregory, anggota terakhir dari Ordo Falcons, sebuah kelompok ksatria yang bertugas melindungi umat manusia dari ancaman makhluk supranatural. Bertahun-tahun kemudian, Gregory menjalani kehidupan sebagai 'spook', yakni pemburu penyihir yang berkeliling dari satu tempat ke tempat lain.

Namun suatu hari, Malkin berhasil melarikan diri dari penjara. Dalam pelariannya, ia membunuh murid Gregory yang bernama William Bradley, lalu kembali ke bentengnya di pegunungan. Di sana, ia memulihkan kekuatan benteng tersebut sekaligus mengembalikan kecantikan saudari setianya yang sebelumnya cacat, Bony Lizzie. Malkin juga menanti datangnya fenomena Blood Moon yang terjadi setiap seratus tahun sekali, peristiwa yang akan membuat kekuatannya menjadi tak terbendung.

Untuk menghadapi ancaman itu, Gregory mencari murid baru bernama Tom Ward, seorang pemuda yang merupakan anak ketujuh dari anak ketujuh, sebuah takdir langka yang dipercaya memiliki potensi besar dalam melawan kekuatan gelap. Sebelum Tom pergi, ibunya memberikan sebuah kalung sebagai jimat pelindung dan berpesan agar Tom tidak pernah melepasnya.

Dalam perjalanan, Tom melihat seorang gadis bernama Alice Deane yang hampir dibakar hidup-hidup karena dituduh sebagai penyihir. Tom mengenalinya dari penglihatan gaib yang pernah ia alami, sehingga ia memutuskan untuk membebaskannya. Alice kemudian meminta Tom agar tidak memberi tahu Gregory tentang dirinya.

Belakangan terungkap bahwa Alice sebenarnya adalah putri dari Bony Lizzie yang dikirim untuk memata-matai Gregory. Sementara itu, Mother Malkin mulai mengumpulkan pasukan makhluk jahat untuk memperkuat kekuasaannya.

Tom kemudian bertemu dengan asisten Gregory yang bernama Tusk. Dengan hanya satu minggu tersisa sebelum Blood Moon mencapai puncaknya, yang akan mengembalikan seluruh kekuatan Malkin, Tom harus menjalani pelatihan kilat sambil melakukan perjalanan menuju benteng sang penyihir.

Di tengah perjalanan, Gregory dipanggil ke sebuah kota bertembok oleh seorang inquisitor yang berhasil menangkap salah satu pengikut Malkin, seekor manusia beruang atau Urag. Saat diperintahkan untuk membakar makhluk itu hidup-hidup, Tom ragu melakukannya. Gregory pun kecewa dan akhirnya menyalakan api tersebut sendiri, lalu memecat Tom sebagai muridnya.

Tom kemudian bertemu kembali dengan Alice. Dalam pertemuan itu, keduanya saling mengungkapkan perasaan dan akhirnya jatuh cinta. Mereka sempat mempertimbangkan untuk melarikan diri bersama, namun Tom mendapat penglihatan bahwa Malkin akan membunuh Gregory dan menebar kehancuran di seluruh dunia.

Menyadari bahaya besar yang akan terjadi, Tom akhirnya kembali menemui Gregory. Sang pemburu penyihir mengungkapkan rahasia masa lalunya: ia pernah jatuh cinta pada Malkin, sehingga dulu memilih memenjarakannya daripada membunuhnya. Gregory merasa bersalah atas semua korban yang telah jatuh akibat ulah Malkin, dan ia memperingatkan Tom agar tidak pernah menunjukkan belas kasihan kepada para penyihir.