Shazam! Fury of the Gods kembali melanjutkan kisah Billy Batson yang diperankan Asher Angel dan alter ego dewasanya Shazam yang dimainkan Zachary Levi, bersama Freddy Freeman yang dibawakan Jack Dylan Grazer, serta kehadiran trio Dewi Atlas yaitu Hespera diperankan Helen Mirren, Kalypso oleh Lucy Liu, dan Anthea yang dimainkan Rachel Zegler. Film ini membawa masuk ke petualangan baru keluarga superhero yang kali ini dihadapkan pada ancaman para dewi kuno dengan konflik yang jauh lebih personal.

Shazam! Fury of the Gods dibuka empat tahun setelah kekalahan Thaddeus Sivana. Hespera dan Kalypso, dua putri Titan Atlas, menyusup ke Acropolis Museum di Athena untuk mencuri tongkat si Penyihir yang telah rusak. Tongkat tersebut kemudian mereka bawa ke Alam Para Dewa, tempat sang Penyihir dipenjara, dan memaksanya memperbaiki sekaligus mengaktifkan kembali kekuatannya. Sejak saat itu, keseimbangan dunia mulai terancam.

Di Philadelphia, Billy Batson dan keluarga angkat supernya mulai mengalami jarak seiring bertambahnya usia dan pilihan hidup masing masing. Billy dihantui rasa takut akan masa depan, terutama kemungkinan harus meninggalkan rumah keluarga Vasquez saat usianya menginjak delapan belas tahun. Kekhawatiran ini makin terasa ketika ia bermimpi bertemu Penyihir yang memperingatkan tentang bahaya para Putri Atlas.

Pencarian jawaban membawa Shazamily ke Rock of Eternity, tempat mereka bertemu pena hidup bernama Steve. Dari sinilah mereka mengetahui kisah tiga putri Atlas dan menyadari bahwa Anthea, putri bungsu sang Titan, hidup di Bumi dengan identitas sebagai Anne, gadis yang akan ditemui Freddy. Pertemuan Freddy dan Anne awalnya berjalan ringan, hingga Freddy tanpa sadar memamerkan kekuatan supernya.

Situasi berubah drastis saat Hespera dan Kalypso muncul membawa tongkat ajaib dan mencuri kekuatan Freddy. Upaya penyelamatan yang dilakukan Billy dan Shazamily justru berujung pada penculikan Freddy dan terkurungnya seluruh kota dalam kubah tak tertembus. Freddy kemudian dipenjara bersama Penyihir di Alam Para Dewa.

Shazam! Fury of the Gods semakin memanas ketika Billy mencoba bernegosiasi dengan Hespera, namun rencana damai itu berubah menjadi pertempuran. Pedro kehilangan kekuatannya, Hespera sempat tertangkap, namun berhasil kabur dan mencuri Apel Emas, benih dari Pohon Kehidupan. Konflik internal para putri Atlas pun terungkap, antara keinginan menyelamatkan dunia mereka atau menghancurkan Bumi.

Sementara itu, Freddy dan Penyihir berusaha melarikan diri dengan bantuan Anthea. Pertemuan kembali Shazamily membawa harapan baru, hingga rahasia identitas mereka akhirnya terbuka di hadapan keluarga Vasquez. Ancaman terakhir datang saat Kalypso muncul bersama naga Ladon, menandai klimaks penuh aksi dan emosi.