SPIDER-MAN 3 dengan pemain Tobey Maguire, Kirsten Dunst, James Franco, Thomas Haden Church, Topher Grace, Bryce Dallas Howard, Rosemary Harris, dan J. K. Simmons menutup trilogi Spider Man versi Sam Raimi dengan konflik yang jauh lebih gelap dan emosional. Satu tahun setelah pengorbanan Otto Octavius, Peter Parker berada di puncak popularitas sebagai pahlawan kota.

Ia bahkan berencana melamar Mary Jane Watson yang akhirnya debut di Broadway. Namun kebahagiaan itu mulai retak ketika sebuah meteorit jatuh di Central Park dan membawa symbiote alien yang diam diam mengikuti Peter hingga ke apartemennya.

KLovers, ancaman datang dari berbagai arah. Harry Osborn yang sudah mengetahui identitas Peter sebagai Spider Man berniat membalas kematian ayahnya. Menggunakan teknologi Green Goblin, Harry bertarung sengit dengan Peter hingga mengalami amnesia sebagian.

Di sisi lain, buronan Flint Marko mengalami kecelakaan di akselerator partikel yang mengubah tubuhnya menjadi pasir hidup. Ia pun dikenal sebagai Sandman, sosok yang kelak terungkap sebagai pembunuh asli Paman Ben.

Symbiote alien kemudian menyatu dengan kostum Peter dan mengubahnya menjadi hitam. Kekuatan Peter meningkat drastis, tetapi sikapnya ikut berubah menjadi arogan dan agresif.

Hubungannya dengan Mary Jane memburuk, terlebih saat Peter tanpa pikir panjang mencium Gwen Stacy di depan publik. Peter mulai kehilangan kendali, menyakiti orang orang terdekatnya, dan terjebak dalam sisi gelap dirinya sendiri.

Kesadaran datang ketika Peter menyadari symbiote itu merusaknya dari dalam. Dengan susah payah, ia melepaskan symbiote di menara lonceng gereja.

Namun makhluk itu justru menemukan inang baru dalam diri Eddie Brock, fotografer Daily Bugle yang dendam pada Peter, dan berubah menjadi Venom. Bersama Sandman, Venom menculik Mary Jane untuk menjebak Spider Man dalam pertarungan terakhir. Di klimaks cerita, kebenaran tentang kematian Norman Osborn akhirnya terungkap dan mendorong Harry untuk menebus kesalahannya.