Film The Boys mengambil latar tahun 1999 ketika sebuah perampokan disertai pembunuhan brutal mengguncang sebuah supermarket kecil di Samnye, Jeonbuk. Polisi bergerak cepat dan langsung menuduh tiga pemuda lokal sebagai pelaku. Tanpa penyelidikan yang benar, ketiganya dipenjara meski tidak memahami alasan mereka dijadikan tersangka.

Setahun kemudian, detektif veteran Hwang Jun Cheol (Sul Kyung Gu) ditunjuk untuk menyelidiki ulang kasus tersebut. Saat menelusuri bukti baru, Hwang mulai curiga bahwa tiga pemuda itu sebenarnya tidak bersalah dan ada pelaku lain yang masih bebas.

Hwang kemudian menemukan petunjuk penting yang mengarah pada tersangka sebenarnya. Namun usahanya untuk membersihkan nama para pemuda itu mendapat perlawanan dari Choi Woo Sung (Yoo Jun Sang), detektif yang menangani kasus asli dan tidak ingin kesalahannya terbongkar.

Karena terus memaksa membuka kembali kasus lama, karier Hwang justru hancur dan ia diturunkan pangkatnya. Meski begitu, ia tetap menyimpan rasa bersalah dan belum bisa melupakan kasus tersebut selama bertahun-tahun.

Enam belas tahun kemudian, saksi mata utama bernama Yoon Mi Sook (Jin Kyung) kembali muncul bersama para pemuda yang kini telah dewasa. Kemunculan mereka membuat kasus lama kembali terbuka dan membawa Hwang pada perjuangan terakhir untuk mengungkap kebenaran yang selama ini disembunyikan.