Empat tahun setelah kekacauan di Isla Nublar, sebuah keluarga Inggris menambatkan kapal pesiar mereka di pantai terpencil Isla Sorna dan berjalan menyusuri daratan, tanpa menyadari bahaya besar yang mengintai. Putri mereka, Cathy Bowman, tersesat dan tiba-tiba diserang oleh sekelompok Compsognathus yang lincah dan ganas.

Di sisi lain, Peter Ludlow, keponakan Dr. John Hammond, memanfaatkan insiden ini untuk menyingkirkan pamannya dan mengambil alih kendali InGen. Fasilitas kedua perusahaan, "Site B" di Isla Sorna, dulunya menjadi tempat kloning dinosaurus, namun ditinggalkan setelah badai dahsyat beberapa tahun lalu. Ludlow berencana memanfaatkan dinosaurus pulau itu demi menyelamatkan InGen, sehingga Hammond meminta bantuan Dr. Ian Malcolm untuk mendokumentasikan makhluk-makhluk itu dan mempromosikan kebijakan non-intervensi.

Pacar Ian, Dr. Sarah Harding, sudah berada di Isla Sorna, membuat Ian dengan enggan setuju ikut pergi, meski tujuannya hanya menjemput Sarah. Bersama spesialis peralatan dan insinyur Eddie Carr serta dokumentator sekaligus aktivis Nick Van Owen, Ian menemukan Sarah dan terkejut mengetahui putrinya, Kelly, diam-diam ikut menyelinap di trailer penelitian mereka. Sementara itu, Ludlow bersama tim tentara bayaran tiba di pulau itu untuk menangkap dinosaurus, dibantu pemburu hewan besar Roland Tembo dan Ajay Sidhu.

Namun, ketika kekuatan manusia dan alam bertemu di pulau yang liar ini, akankah Ian dan timnya mampu melindungi dinosaurus dari eksploitasi Ludlow, atau pulau ini akan kembali menjadi medan bencana yang tak terelakkan?