Félix, seekor lynx Iberia yang ceroboh dan selalu sial, dikirim ke pusat rehabilitasi hewan di Taman Nasional Doñana. Di sana ia bertemu kambing gunung pemberani bernama Beeea, elang tangguh Astarté, serta teman lamanya Gus si bunglon paranoid. Tempat itu kini dijaga ketat karena banyak hewan langka menghilang secara misterius. Félix juga bertemu lynx betina bernama Lincesa dan mulai tertarik padanya.

Suatu malam, pusat perlindungan diserbu para tentara bayaran yang dipimpin pemburu terkenal Newmann. Mereka bekerja untuk miliarder eksentrik bernama Noé, yang mengumpulkan hewan langka ke kapal raksasa seperti Bahtera Nuh modern. Félix berhasil lolos dan membebaskan teman-temannya, meski Lincesa berhasil diculik.

Félix dan kawan-kawan lalu memulai misi penyelamatan. Mereka dibantu Rupert si tikus tanah, kawanan serigala, dan burung bangkai bernama Diogenes yang peduli lingkungan. Namun Félix merasa semua masalah terjadi karena nasib buruknya, hingga ia sempat meninggalkan teman-temannya demi melindungi mereka.

Di kapal, Lincesa mengetahui bahwa Noé sebenarnya bisa berbicara dengan hewan. Ia mengaku ingin menyelamatkan spesies langka dari kepunahan sebagai balas jasa karena hewan- hewan telah membantunya menjadi kaya. Namun Lincesa membuat Noé sadar bahwa hidup tanpa kebebasan bukanlah penyelamatan sejati.

Félix akhirnya tahu bahwa Rupert diam-diam dipasangi mikrocip agar musuh bisa melacak mereka. Menyadari dirinya bukan sumber kesialan, Félix kembali dan menghadapi Newmann. Pertarungan besar pecah di kapal yang mulai tenggelam setelah ledakan, sementara semua hewan berusaha kabur.

Pada akhirnya Félix, Lincesa, para hewan, dan Noé selamat menggunakan rakit darurat. Félix dan Lincesa kemudian memiliki anak, sementara Newmann ternyata selamat, meski kini justru takut pada kucing.