Pada tahun 1837 di London, Ratu Victoria mendapat kabar dari Laksamana Cuthbert Collingwood bahwa Angkatan Laut Kerajaan telah menaklukkan banyak negara. Namun, masih ada satu masalah besar yang belum selesai: para bajak laut. Sang ratu yang sangat membenci bajak laut pun memerintahkan agar mereka segera diberantas.

Di sisi lain, Kapten Bajak Laut bersama kru kocaknya sedang berusaha memenangkan ajang Bajak Laut Terbaik Tahunan di Pulau Darah. Setelah beberapa kali gagal merampok kapal berisi harta, mereka akhirnya menangkap Charles Darwin di kapal HMS Beagle. Darwin lalu tertarik pada Polly, burung dodo peliharaan kru yang dikira burung beo langka, dan mengajak Kapten ikut kompetisi ilmuwan di London dengan iming-iming hadiah.

Kapten dan kru menyamar sebagai ilmuwan, lalu berhasil memenangkan kompetisi berkat penampilan Polly. Sayangnya, hadiah yang didapat hanyalah piala kecil dan pertemuan dengan Ratu Victoria. Saat sang ratu meminta Polly untuk kebun binatang pribadinya, Kapten menolak dan tanpa sengaja membuka identitas aslinya sebagai bajak laut. Ia pun hampir dihukum mati sebelum Darwin menyelamatkannya.

Victoria kemudian menawarkan harta melimpah kepada Kapten sebagai imbalan Polly. Tergoda demi gelar Bajak Laut Terbaik, Kapten menerima tawaran itu. Namun saat kemenangan diraihnya, rahasia pengampunan dari sang ratu terbongkar. Gelarnya dicabut, hartanya disita, dan kru kesayangannya meninggalkannya setelah tahu Polly telah diserahkan.

Menyesali perbuatannya, Kapten berusaha menyelamatkan Polly. Ia lalu mengetahui rencana jahat Victoria yang ternyata ingin memakan hewan-hewan langka di kapal mewahnya, QV1, dengan Polly sebagai menu utama. Bersama Darwin, Bobo, dan kru bajak lautnya, Kapten melancarkan aksi penyelamatan penuh kekacauan yang berujung ledakan besar di kapal tersebut.

Pada akhirnya, Polly berhasil selamat dan Victoria menerima balasan setimpal. Kapten mendapatkan kembali statusnya sebagai bajak laut, pengasingannya dicabut, dan ia kembali berlayar bersama kru setianya, kini ditemani Bobo dalam petualangan baru.