Film The Raid 2 melanjutkan kisah penuh aksi setelah peristiwa film pertama. Cerita dibuka dengan kematian Andi, bos mafia yang dieksekusi oleh gembong kriminal Bejo atas perintah komisaris polisi korup, Reza.

Beberapa jam setelah kejadian tersebut, Rama, yang kini menjadi polisi, membawa rekannya yang terluka, Bowo, serta Wahyu yang korup, menemui atasannya, Bunawar. Ia mengungkap bahwa dirinya memimpin unit rahasia yang menyelidiki korupsi di tubuh kepolisian.

Demi menjaga operasi tetap rahasia, Bunawar membunuh Wahyu dan mengirim Bowo untuk perawatan. Ia kemudian merekrut Rama untuk menyusup ke jaringan kriminal guna membongkar skema besar Reza. Awalnya menolak, Rama akhirnya menerima tugas tersebut setelah mengetahui kematian Andi.

Dengan identitas baru sebagai Yuda, Rama ditugaskan menyusup ke keluarga Bangun, sindikat kriminal terbesar di Jakarta yang menjadi penyeimbang antara kelompok Bejo yang semakin kuat dan klan yakuza Jepang pimpinan Hideaki Goto. Rama sengaja masuk penjara yang sama dengan Uco, putra Bangun yang temperamental. Ia berhasil mendapatkan kepercayaan Uco setelah menyelamatkan nyawanya saat kerusuhan penjara.

Setelah bebas, Uco memperkenalkan Rama kepada ayahnya, Bangun, serta tangan kanannya, Eka. Rama pun mulai bekerja untuk mereka. Ia ikut membantu Uco dalam aksi pemerasan brutal terhadap seorang produser film dewasa bernama Topan. Dalam kondisi mabuk, Uco meluapkan kekesalannya karena merasa tersisih dalam organisasi ayahnya, bahkan bertindak kasar terhadap seorang wanita. Rama memanfaatkan situasi tersebut untuk memasang alat penyadap di dompet Uco.

Tanpa sepengetahuan Bangun, Uco diam-diam bekerja sama dengan Bejo dan setuju mendanai perang melawan klan Goto. Sebagai bentuk terima kasih, Bejo memberikan kesempatan kepada Uco untuk mengeksekusi para tahanan yang terlibat dalam kerusuhan penjara. Sementara itu, Prakoso, eksekutor senior Bangun, ditugaskan melindungi keluarga dari ancaman Bejo, meski ia menolak bergabung dalam rencana perang Uco.

Ketegangan semakin meningkat saat Prakoso diserang oleh pembunuh bayaran Bejo dan akhirnya tewas di tangan Assassin, algojo terbaik Bejo. Uco mencoba memprovokasi ayahnya dengan menuduh Goto sebagai dalang kematian tersebut, namun Bangun menolak membalas.

Dalam pertemuan antara Bangun dan Goto, emosi Uco meledak hingga mempermalukan ayahnya dan memaksa Bangun menyerahkan wilayah kekuasaan. Akibat ulahnya, Uco pun dihajar oleh Bangun karena telah merusak perdamaian antara dua kelompok besar tersebut.