Film fantasi The School for Good and Evil menghadirkan kisah dunia dongeng yang tak biasa, ketika batas antara baik dan jahat justru dipertanyakan.

Cerita dibuka dengan konflik dua saudara kembar, Rhian dan Rafal, pendiri Sekolah Kebaikan dan Sekolah Kejahatan, tempat melatih para calon pahlawan (Evers) dan penjahat (Nevers). Ketidakseimbangan membuat Rafal memberontak dengan sihir darah, hingga pertarungan mereka berakhir tragis di tebing. Rhian selamat, sementara Rafal diyakini tewas.

Bertahun-tahun kemudian, di desa Gavaldon, dua sahabat berbeda sifat, Sophie yang terobsesi menjadi putri dongeng, dan Agatha yang dianggap "aneh" mengetahui keberadaan sekolah tersebut. Saat malam penculikan tiba, keduanya dibawa ke sekolah magis. Namun takdir terasa terbalik, Sophie justru masuk Sekolah Kejahatan, sementara Agatha ditempatkan di Sekolah Kebaikan.

Sophie berusaha keras pindah ke Sekolah Kebaikan dengan cara mendapatkan "ciuman cinta sejati" dari Pangeran Tedros, putra Raja Arthur, dengan bantuan Agatha. Namun seiring waktu, keduanya mulai menyadari bahwa mereka mungkin sudah berada di tempat yang tepat.

Di balik semua itu, terungkap bahwa Rafal sebenarnya masih hidup dan menyamar sebagai Rhian. Ia diam-diam memanipulasi keseimbangan dunia dengan mengubah Sophie menjadi sosok jahat yang kuat. Di bawah pengaruhnya, Sophie berubah drastis, baik secara fisik maupun kepribadian dan mulai memimpin para Nevers.

Konflik memuncak saat pertarungan besar antara Evers dan Nevers pecah, melanggar hukum keseimbangan yang ada. Rafal kemudian mengungkap identitas aslinya dan berniat menguasai dunia bersama Sophie sebagai "cinta sejatinya". Namun rencananya justru memicu kehancuran sekolah.

Di momen klimaks, Sophie menyadari kesalahannya dan memilih berkorban untuk menyelamatkan Agatha, menerima serangan fatal dari Rafal. Pengorbanan itu mematahkan sihir gelap. Dengan bantuan Tedros, Agatha berhasil mengalahkan Rafal. Ciuman perpisahan penuh cinta dari Agatha justru menghidupkan kembali Sophie, membuktikan bahwa cinta sejati tak selalu romantis, tapi juga persahabatan.

Akhirnya, kedua sekolah bersatu kembali, dan Sophie serta Agatha pulang ke dunia mereka. Namun sebuah pertanda muncul bahwa petualangan mereka belum benar-benar berakhir.