Film The Witch membawa kita ke New England tahun 1630-an, dengan atmosfer kelam dan penuh ketegangan religius. Ceritanya mengikuti keluarga William, seorang pemukim Inggris yang diasingkan dari komunitas Puritan karena perbedaan pandangan agama. Ia tinggal bersama istrinya Katherine dan kelima anak mereka, termasuk putri remajanya, Thomasin.

Setelah diusir, mereka membangun pertanian kecil di dekat hutan terpencil yang tampak misterius. Tak lama kemudian, bayi mereka, Samuel, lahir. Namun tragedi datang saat Thomasin menjaga adiknya itu. Dalam sekejap, Samuel menghilang tanpa jejak. Penonton kemudian diperlihatkan bahwa seorang penyihir menculik dan membunuh bayi tersebut untuk ritual gelap.

Kehilangan itu menghancurkan Katherine. Ia terus menangis dan berdoa, sementara William mencoba meyakinkan bahwa mungkin seekor serigala yang membawa bayi mereka. Ia mengajak putranya, Caleb, berburu ke hutan. Dalam perjalanan, William mengaku diam-diam telah menukar cangkir perak kesayangan istrinya demi membeli perlengkapan berburu.

Di rumah, si kembar Mercy dan Jonas sering bermain dengan kambing jantan mereka, Black Phillip, yang menurut mereka bisa berbicara. Katherine mulai menyalahkan Thomasin atas hilangnya cangkir perak dan bahkan mengaitkannya dengan hilangnya Samuel.

Ketegangan keluarga makin terasa ketika anak-anak tanpa sengaja mendengar orang tua mereka membicarakan kemungkinan kelaparan dan rencana mengirim Thomasin bekerja ke keluarga lain.

Suatu pagi, Thomasin dan Caleb diam-diam masuk ke hutan untuk memeriksa perangkap. Kekacauan terjadi saat anjing mereka mengejar kelinci, kuda mereka panik, dan Thomasin terjatuh hingga pingsan. Caleb tersesat dan menemukan anjingnya sudah mati mengenaskan. Ia lalu menemukan sebuah gubuk tua di tengah hutan, tempat seorang wanita misterius muncul dan mendekatinya.

Thomasin akhirnya sadar dan pulang dengan mengikuti suara ayahnya. Namun situasi di rumah makin memanas, dengan tuduhan dan rasa bersalah yang terus menghantui keluarga tersebut.

Film ini jadi horor psikologis yang pelan tapi mencekam, membahas fanatisme, rasa bersalah, dan ketakutan yang tumbuh dari dalam keluarga sendiri.