Film The Witch: Part 2 The Other One membuka cerita dengan adegan masa lalu yang bikin merinding. Seorang remaja perempuan sedang naik bus bersama temannya, ketika tiba-tiba rute berubah misterius. Gas disemprotkan ke dalam bus, semua penumpang pingsan, dan insiden itu dibuat seolah-olah kecelakaan. Gadis tersebut ternyata diculik dan dibawa ke fasilitas rahasia. Di sana, Dr. Baek dan saudara kembarnya mengungkap bahwa ia hamil anak kembar fraternal, kehamilan yang disebut-sebut punya makna besar untuk eksperimen mereka.

Masuk ke timeline masa kini, muncul seorang gadis misterius yang dijuluki Ark 1. Ia kabur dari laboratorium rahasia setelah menghabisi para tentara dan ilmuwan di sana. Sendirian di hutan, ia tampak kebingungan, bahkan mendengar suara ibunya memanggilnya. Dalam kondisi linglung, ia justru diculik oleh anak buah gangster Yong-doo yang kebetulan lewat dengan van.

Di dalam van itu juga ada Kyung-hee, perempuan yang jadi korban intimidasi Yong-doo karena menolak menyerahkan rumahnya. Dalam perjalanan, salah satu anak buah menyentuh Ark 1 dan boom, terjadi kecelakaan hebat akibat kekuatan tak terlihat yang ia keluarkan. Kyung-hee akhirnya membawa Ark 1 bersamanya dan mencoba mencari perlindungan.

Masalah makin runyam saat Jo-hyeon dan Tom muncul, memperlihatkan rekaman Ark 1 yang membantai orang-orang di laboratorium. Mereka ingin menghentikannya sebelum situasi makin kacau. Sementara itu, Yong- doo melaporkan keberadaan Ark 1 ke kelompok yang lebih besar, dan sebagai imbalannya ia diberi dosis yang membuatnya memiliki kekuatan super.

Kyung-hee berencana kabur bersama saudaranya saat pesta kembang api dimulai. Tapi sebelum sempat pergi, Yong-doo datang bersama gengnya dan tim bersenjata. Kyung-hee tewas saat mencoba memberi waktu bagi Dae-gil dan Ark 1 untuk melarikan diri. Adegan ini jadi titik emosional yang bikin Ark 1 makin kehilangan pegangan.

Pasukan taktis bahkan menembakkan bazooka ke arah Ark 1 di atap rumah, tapi ia tetap selamat. Rumah meledak, Dae-gil selamat sesaat hanya untuk kemudian dibunuh Yong- doo. Satu per satu orang di lokasi tewas dalam baku tembak dan serangan brutal. Ark 1 akhirnya melumpuhkan Yong-doo, mematahkan kakinya meski ia sudah diberi kekuatan super.

Di tengah kekacauan itu, Goo Ja-yoon (tokoh dari film pertama) datang dengan mobil dan menghabisi para penyintas. Ia lalu mengungkapkan fakta mengejutkan: Ark 1 adalah saudara kembarnya. Ja- yoon mengaku sudah memantau Ark 1 sejak ia kabur. Tujuannya? Menemukan ibu mereka, karena Ark 1 punya ikatan psikis yang lebih kuat dengan sang ibu.

Namun Ark 1 masih terpukul oleh kematian Dae-gil dan Kyung-hee. Sementara Yong-doo dibiarkan sekarat, Ja-yoon menyuntikkan obat penenang ke Ark 1 dan membawanya pergi.

Di akhir film, Dr. Baek merasakan ancaman baru terhadap kedua saudara itu. Lalu terungkap ibu mereka berada dalam semacam akuarium raksasa dengan kabel terhubung ke tubuhnya. Ia membuka mata dan layar langsung gelap. Cliffhanger level dewa.

Adegan post-credit menunjukkan Jo-hyeon dan Tom ternyata selamat. Mereka kini bekerja sama dengan lebih banyak penyihir untuk memburu Ja- yoon dan Ark 1. Artinya? Konflik belum selesai justru baru mulai.