Film Under the Skin dibuka di Glasgow, saat seorang pengendara motor mengambil tubuh perempuan muda tak sadarkan diri dari pinggir jalan. Di dalam sebuah van, sosok perempuan lain yang telanjang mengenakan pakaian perempuan tersebut, seolah mengambil identitasnya. Setelah membeli baju dan make-up di pusat perbelanjaan, perempuan misterius itu mulai berkeliling dari kota ke kota menggunakan van, mendekati pria-pria yang ditemuinya.

Ia mengajak seorang pria ke rumah kosong yang tampak terbengkalai. Di dalam ruangan gelap dan aneh, pria itu mengikuti perempuan tersebut hingga tenggelam dalam ruang cairan hitam yang tak kasatmata, seperti dimensi lain.

Di sebuah pantai, perempuan itu hampir mendekati seorang perenang, tetapi situasi berubah ketika sepasang suami istri terseret ombak saat mencoba menyelamatkan anjing mereka. Sang perenang sempat membantu, namun tragedi tetap terjadi. Dalam kekacauan itu, perempuan tersebut membawa pria yang kelelahan ke dalam van dan pergi, sementara bayi pasangan tadi dibiarkan menangis di pantai.

Ia kembali mengulangi polanya di klub malam dan membawa pria lain ke rumah tersebut. Di dalam 'ruang' aneh itu, para korban terlihat mengambang tanpa daya di bawah permukaan cairan gelap. Visualnya sureal dan mengganggu, memperlihatkan bagaimana tubuh mereka perlahan menghilang, menyisakan jejak kosong.

Keesokan harinya, perempuan itu mulai menunjukkan tanda-tanda perubahan. Ia menerima bunga mawar dari penjual jalanan dan mendengar laporan radio tentang keluarga yang hilang di pantai. Ia juga mendekati seorang pria penyendiri dengan kondisi wajah berbeda, namun kali ini ia membiarkannya pergi setelah menatap dirinya sendiri di cermin, seolah mulai mempertanyakan identitasnya.

Pengendara motor yang sejak awal mengawasinya mulai mengejar ketika ia tampak keluar dari pola. Perempuan itu meninggalkan van di dataran tinggi Skotlandia yang berkabut. Ia mencoba menjalani pengalaman manusia biasa, seperti makan di restoran dan menaiki bus. Seorang pria baik hati menawarinya bantuan dan membawanya ke rumahnya. Mereka berbagi waktu sederhana, menonton televisi, berjalan ke reruntuhan kastel, dan mencoba membangun kedekatan.

Namun dalam momen intim, perempuan itu kembali menyadari perbedaan mendasar antara dirinya dan manusia. Film ini perlahan berubah menjadi refleksi sunyi tentang identitas, tubuh, empati, dan apa artinya menjadi manusia dari sudut pandang 'yang lain'. Atmosfernya minimalis, dialognya sedikit, tapi maknanya dalam dan simbolis.