Setelah musuh besar dikalahkan, kedamaian kembali ke dunia sihir. Tahun ajaran baru dimulai di Alfea dengan pesta meriah yang dihadiri peri dan penyihir. Namun suasana kacau saat Trix menyusup dan mencuri kompas ajaib milik sekolah. Winx berusaha menghentikan mereka, tetapi tiga penyihir itu berhasil kabur membawa benda penting tersebut.

Di saat bersamaan, Bloom menikmati kehidupan barunya sebagai putri Domino. Hubungannya dengan Sky semakin serius hingga Sky melamarnya dan Bloom menerima dengan bahagia. Sayangnya, ayah Sky, Raja Erendor, menolak pernikahan itu karena menyimpan rahasia masa lalu terkait kehancuran Domino. Sky terpaksa menjauh, membuat Bloom patah hati dan meninggalkan istana.

Trix lalu menggunakan kompas ajaib untuk menemukan Pohon Kehidupan, sumber keseimbangan sihir. Mereka menyerang desa Pixie dan merusak pohon tersebut hingga seluruh sihir baik di alam semesta menghilang. Para Winx kehilangan kekuatan mereka dan harus hidup tanpa sihir, sementara kekacauan mulai menyebar ke berbagai kerajaan.

Bloom bersama Winx dan para Specialists pergi ke Eraklyon untuk mencari cara memulihkan keseimbangan. Di sana terungkap bahwa Erendor dulu pernah membuat kesepakatan dengan Penyihir Leluhur demi menyelamatkan kerajaannya, yang menyebabkan Domino hancur. Untuk menebus kesalahan, mereka menuju Havram demi mencari benih ajaib terakhir yang masih menyimpan kekuatan baik.

Pertempuran besar pun terjadi saat Trix dan Penyihir Leluhur menyerang. Benih ajaib pecah dan serbuk sihir memulihkan kekuatan Winx. Dengan transformasi Believix, Winx melawan musuh terakhir dalam duel sengit dan akhirnya menghancurkan Penyihir Leluhur untuk selamanya. Trix berhasil ditangkap setelah kehilangan kekuatan mereka.

Setelah kemenangan itu, Pohon Kehidupan kembali seimbang dan sihir pulih di seluruh dimensi. Oritel dan Erendor berdamai, lalu merestui hubungan Bloom dan Sky. Film berakhir dengan kebahagiaan baru bagi Winx serta masa depan cerah bagi dunia sihir.